| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 117946 = | 3846 (1.160) | 284 (0.100) | 135/210 | 20.1 | 8.2% | intergenic (+67/+792) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 117942 | 3160 (1.140) | intergenic (+63/+796) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4140 total aligned reads displayed.
AAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAATATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTAAAC > CP016816/117819‑118073 | aaTTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtatta > 2:5198337/1‑128 (MQ=255) ttGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAataataata < 2:7139364/126‑1 (MQ=255) tGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattatta > 2:4643830/1‑128 (MQ=255) aagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAATCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattattatt > 2:5725862/1‑128 (MQ=255) aagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattattatt > 2:3722082/1‑128 (MQ=255) agagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattattatta < 1:5391906/128‑1 (MQ=255) agaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattattattattatt > 2:6311540/1‑128 (MQ=255) agaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattattattattatt > 1:2533374/1‑128 (MQ=255) gaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACACtattattattattatta > 1:6368086/1‑128 (MQ=255) gaaTGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattattattattatta < 2:700186/128‑1 (MQ=255) 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2:1226978/1‑128 (MQ=255) agaaaaaatattattattattattattaATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACtat < 1:6897918/120‑1 (MQ=255) aacaaTATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACtat < 2:5871513/128‑1 (MQ=255) aacaaTATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATATAAAACAACAAGCTGAAACtat > 2:2151876/1‑128 (MQ=255) aacaaTATTATTATTATTATTATTATATAATATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATTAAGTTTTAATACATCAAGCTGAAACtat < 2:4224550/128‑1 (MQ=255) acaaTATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACtata < 2:4785992/128‑1 (MQ=255) aaaaTATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACATATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACtata < 2:663702/126‑1 (MQ=255) aaTATTATTATAATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATAtt < 1:5604599/128‑1 (MQ=255) atatTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATAttt > 2:4534547/1‑128 (MQ=255) attattattattattattattAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTaa < 1:2390561/128‑1 (MQ=255) ttattattattattattattaATTAGCAAGCATATATATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGTTTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTaaa < 1:796876/128‑1 (MQ=255) | AAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAATATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTAAAC > CP016816/117819‑118073 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |