| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 76896 = | 2781 (0.840) | 110 (0.040) | 81/224 | 38.9 | 4.4% | intergenic (‑145/+40) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein |
| ? | CP016816 | = 76892 | 2342 (0.790) | intergenic (‑141/+44) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2708 total aligned reads displayed.
AAATTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑TTTTT‑TTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTT > CP016816/76765‑77019 | aaTTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑t > 2:1615528/1‑128 (MQ=255) tatatataTTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTAAATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑ttttt > 2:2826748/1‑128 (MQ=255) atatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑ttttt‑t > 1:1665389/1‑128 (MQ=255) tatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑ttttt‑tt > 1:968025/1‑128 (MQ=255) aatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑tttttat > 1:559026/2‑126 (MQ=255) tatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑ttttt‑tttt > 1:1000171/1‑128 (MQ=255) tatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTATTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑ttatt‑tttt > 1:6949007/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑ttttt‑ttttttt > 2:1520632/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTACCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑ttttt‑ttttttt > 2:4912057/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTACACTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAATAAAAATATT‑ACAAC‑ttatt‑tttattt > 2:7095509/1‑128 (MQ=255) 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AAATTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAA‑GATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAAC‑TTTTT‑TTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTT > CP016816/76765‑77019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |