| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 165247 | 1508 (0.460) | 1190 (0.360) | 90/250 | 39.8 | 44.1% | intergenic (+211/‑331) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | 165251 = | 1509 (0.460) | intergenic (+215/‑327) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 2395 total aligned reads displayed.
TAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTAAAACT > CP016816/165124‑165378 | taataTTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtt > 1:2042320/1‑128 (MQ=255) atttttAGTTTCATTAATTTATAGTAATTGTATTTATTATTAATAAAATAAAACTATTATATTTTTATTTATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAA‑‑AATTAATTTTAACTTGTAAAAAATAGCtttttt < 1:5204494/125‑1 (MQ=255) atTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttt > 2:5864792/1‑128 (MQ=255) atTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAAATTGTAAAAAAAATAtttttt > 2:3369921/1‑128 (MQ=255) aGTTTCATTAAATTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttt > 1:7228172/1‑128 (MQ=255) gTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCATATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttttt > 2:4614657/1‑128 (MQ=255) gTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttttt > 2:7173977/1‑128 (MQ=255) tCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttttttt > 1:1957157/1‑128 (MQ=255) aTTAATTTATCTCACTTTTATGTATTATTAATAAAATAAAAATATTATTTTTTTAGATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAAATTGAAATTGTTAAAAATAGCtttttttttttttttt < 1:877894/128‑1 (MQ=255) ttAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttttttttta > 2:2212470/1‑127 (MQ=255) aTTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttttttttttaat > 1:1148497/1‑125 (MQ=255) tttATCGCACTTGTATGAATTTGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAAATTGTAAAAAATAGCtttttttttttttttattatt > 1:6278165/1‑125 (MQ=255) tttATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttttttttttataat > 1:2470338/1‑123 (MQ=255) tttATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttttttttttaaaat > 2:5353928/1‑123 (MQ=255) tttATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttttttatataatt > 2:3718835/1‑120 (MQ=255) ttATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtatttttttattttttataatg > 1:3480553/1‑122 (MQ=255) tttagCAATTGTATGAATTATTAATAAAATAAAAATATTATATTTTTATATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAAATTGTAAAAAATAGCttttttttttttttttatattgg < 1:6964098/124‑8 (MQ=255) cGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTGTTTAGATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAATAAATTTGAACTTTTAATAAATAGTttttttttttttttttatatttaaat > 1:4650660/1‑118 (MQ=255) ggaCTTGTATGAATTATTAATAAAATAAAAATATTATCTTTTTAGATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAACTTTTAAAAAAAAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAat < 2:4295850/126‑1 (MQ=255) ttattttttattattAATAAAATAAAAATATTATATTTTTATATATTTTTTTTTAATGGAAATTTTTAAAAAATTTATTTTAACTTTTAAAAAATAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAAtata < 1:3797924/119‑1 (MQ=255) cTTTTATGAATTATTAAGAAACTAAAACTATTATATTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAatat < 2:5621551/128‑1 (MQ=255) cTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTATTTTATAATTAAAata > 2:171269/1‑128 (MQ=255) 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TAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATACTAAAATTATTTAATGTTAATTAAAACT > CP016816/165124‑165378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |