| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP016816 | 484,795 | A→T | intergenic (‑104/+67) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP016816 | 484,795 | 0 | A | T | 99.2% | 10118.3 / NA | 3325 | intergenic (‑104/+67) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/5); new base T (1608/1690); total (1629/1696) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-03 | |||||||||||
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Only 100 of 3419 total aligned reads displayed.
TTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCA > CP016816/484670‑484916 | aaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTaa‑tataaaaa > 1:1771150/1‑128 (MQ=255) aaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaa > 2:3830273/1‑125 (MQ=255) aTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCaa < 1:4437745/128‑1 (MQ=255) aTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCaa > 1:1860484/1‑128 (MQ=255) 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TTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCA > CP016816/484670‑484916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |