| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 165,218 | A→T | intergenic (+182/‑360) | JCVSYN2_00665 → / → JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 165,218 | 0 | A | T | 97.5% | 7039.1 / 5.0 | 2437 | intergenic (+182/‑360) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/49); new base T (1382/994); total (1394/1043) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2521 total aligned reads displayed.
TATTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAA‑TTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTA‑GGTA‑TTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTA > CP016816/165091‑165347 | tttACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTTATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGAACTTTTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAA‑TTTTtaa < 2:5398382/128‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAA‑TTTTtaaaaa > 2:6859853/1‑126 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATTAAAA‑TTTTTAAAAaat > 1:5969351/1‑128 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAA‑TTTTTAAAAaat > 2:1131678/1‑128 (MQ=255) 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TATTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAA‑TTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTA‑GGTA‑TTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTA > CP016816/165091‑165347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |