| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 143769 | 5846 (1.210) | 199 (0.050) | 85/226 | 33.1 | 3.6% | intergenic (+28/‑134) | JCVSYN2_00565/JCVSYN2_00570 | acetate kinase/phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase |
| ? | CP016816 | = 143772 | 5390 (1.240) | intergenic (+31/‑131) | JCVSYN2_00565/JCVSYN2_00570 | acetate kinase/phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 5991 total aligned reads displayed.
AATTAATTTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAATTATTATAATTCAAATTGATTATAAAGTTGTTTTTTTATCTTAGTAGATTAAAATTAATAATAGTTATTTATTTTATAGTAAGGATAAAA > CP016816/143644‑143900 | attaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCATTTTATGATATTAGAAAATATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaa < 2:9590946/128‑1 (MQ=255) ttaattTCTAGTGATGAATAAAATATTCCAGGTTATGCTATTAGAACAATTGTAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaaa < 1:10004712/128‑1 (MQ=255) ttaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaaa < 2:6961385/128‑1 (MQ=255) attTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCAATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGc < 1:2921684/128‑1 (MQ=255) 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tCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTttaatatt > 1:6114978/1‑128 (MQ=255) cAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTttaatatta > 1:7904265/1‑128 (MQ=255) ttCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTAAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGATATTAATATtaataaca > 1:6861166/1‑126 (MQ=255) cAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAaaagaa > 1:6505095/1‑128 (MQ=255) ttATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGta > 1:3774858/1‑128 (MQ=255) tATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGATAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTATTTAATATTAATAAAAGAAAGtaa > 2:4901958/1‑128 (MQ=255) 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AATTAATTTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAATTATTATAATTCAAATTGATTATAAAGTTGTTTTTTTATCTTAGTAGATTAAAATTAATAATAGTTATTTATTTTATAGTAAGGATAAAA > CP016816/143644‑143900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |