Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG55.3% 2664.3 / inf 2502intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (243/837);  new base G (1054/284);  total (1372/1130)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 2970 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468
                                                                                                                                 |                                                                                                                                        
   ttAATCAAGACTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAt‑aatgaat                                                                                                                                       <  1:7926238/128‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAATATTTATTAGTATTAATTAGTTT‑ATTTATCATTTTAATAT‑aattaatt                                                                                                                                      >  1:568584/1‑128 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATAATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑aataaatt                                                                                                                                      >  1:3833555/1‑128 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑aatgaatt                                                                                                                                      <  1:3068325/128‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑aatgaatt                                                                                                                                      <  2:8515988/128‑1 (MQ=255)
     taacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAAAATAAATTAGATAATTAATTATTATAATTGATTAGATA‑ATTTATAATTTTAATAt‑aataaaaat                                                                                                                                     >  1:5129908/4‑125 (MQ=255)
     aaTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGTATTTATTAGTTT‑ATTTATCATTTTAATAT‑AAttaattt                                                                                                                                     >  2:405797/1‑128 (MQ=255)
      aTCAAGCATTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AAtgaattta                                                                                                                                    <  1:4755487/128‑1 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTT‑ATTTATCATTTTAATAT‑AAttaatttaa                                                                                                                                   >  2:8117210/1‑128 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATTATTTATTATTTT‑ATATATCATTTAAATAT‑AAttaatataa                                                                                                                                   >  2:2558623/2‑128 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AAttaatttaa                                                                                                                                   >  1:5531541/2‑128 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AAtgaatttaat                                                                                                                                  <  2:7034682/128‑1 (MQ=255)
          aGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATttaatta                                                                                                                                <  2:6409475/128‑1 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGTATTGATTATTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATAAATTTAATTaaa                                                                                                                              >  1:4188178/1‑128 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTaaa                                                                                                                              <  1:4374838/128‑1 (MQ=255)
             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTaaaa                                                                                                                             <  1:4949044/128‑1 (MQ=255)
             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTaaaa                                                                                                                             <  1:6070883/128‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATACTTTTAATAT‑AATAAATTTAATTAAAat                                                                                                                            >  1:3416391/1‑128 (MQ=255)
                   tATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATTATTTATTAGTTT‑ATTTATCCTTATAATAT‑AATAAATTTAATTAAAATAttat                                                                                                                       >  1:6329918/1‑126 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATTAATATAATTAAAATATta‑t‑‑a                                                                                                                   >  1:3986943/1‑128 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATTAATATAATTAAAATATTT‑t‑‑a                                                                                                                   >  2:8369405/1‑128 (MQ=255)
                         tAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTAATTAGTTT‑ATTTATCCTTATAATAT‑AATAAATATAATAAAAAAATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaa                                                                                                           >  1:2043224/1‑128 (MQ=255)
                         tAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaa                                                                                                           >  1:8255328/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTGATTATTAT‑ATTTATAATATTAATAT‑AATAAATTTAATTAAAATATTT‑a‑‑a‑aa‑‑aaaa                                                                                                          >  1:2246466/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATAAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaa                                                                                                        >  1:9665091/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aataaa                                                                                                        >  1:1037173/1‑128 (MQ=255)
                               aaatttttatATTATTAATTAATTAATTTTTATTTTAATATAAATTAGGTAATTATTTATTTTGTATTTTTATTTA‑ATTTTTACTTTTAAAAT‑AATTAATATAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaa                                                                                                     <  2:276100/122‑1 (MQ=255)
                               aaatttttatAGTTAGAATTAATTAAGATTTATTTTAATATAAATTATCTAAGTATTTTTTTGGTTTTATTTGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTATTTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaa                                                                                                     <  1:10136140/122‑1 (MQ=255)
                                  ttattttattATGAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAATTATATAATTATTTATTATTATTTTTTATTTT‑ATTTATACTTTTAAAAA‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaaaaa                                                                                                  <  2:7325116/128‑1 (MQ=255)
                                  ttattaTAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaaaaa                                                                                                  >  1:9162443/1‑128 (MQ=255)
                                   tatttttttttGAAATAAAAAATATTAATTTTATAAAAAATTATGTTATTTTTTATTTGGTTTTATTAGTTT‑TTTTATCCTTTTAAAAT‑AATTAATTTAATTAAAAAATTT‑T‑‑a‑aa‑‑aaaaaaaaaaaaa                                                                                                 <  1:1179622/118‑1 (MQ=255)
                                   tattatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaaaaaa                                                                                                 >  2:823447/1‑128 (MQ=255)
                                    tttttatttttaaaTAATAAATATTATTGTTTATATAAATTTTGATATTTTTTTTTTTGTTTTTTTATTTT‑ATTTTTTCTTTTTATAT‑AATTTATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaaaaaaa                                                                                                <  1:1049982/117‑1 (MQ=255)
                                     ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                               >  1:5353198/1‑128 (MQ=255)
                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCATTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                              >  2:5109956/1‑128 (MQ=255)
                                       ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTAAACATTTAAATA‑‑AATTAATTTAATTTAAAAAATT‑T‑‑A‑AA‑‑ataaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                            >  1:5897380/1‑128 (MQ=255)
                                           tattaaaatataaATATTAATTTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATGTTTTATTAGTTT‑ATTTATACTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAAATATT‑T‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                         <  2:9518523/119‑1 (MQ=255)
                                            aTGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGTATTGAATAGTTT‑AATTATCATTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATAATT‑T‑‑A‑AT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                        >  1:6532370/1‑127 (MQ=255)
                                               aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATAT‑T‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAcc                                                                                     >  2:9218150/1‑128 (MQ=255)
                                                aataatAAAGATAAATGTTAAAATAAATAATTTAATTATTTATTTTCTATGTTTTGTTT‑ATTAAAACTTTTAAAAT‑ATTTAATTTAATAAAAATATTT‑A‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCt                                                                                    <  1:6765951/128‑1 (MQ=255)
                                                aataaaAAATATTAATTTTAATATAAAATTTATAATTTTTTTTTATGTTTTTTTATTTT‑ATTATACATTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCt                                                                                    <  2:6043497/128‑1 (MQ=255)
                                                 ataataAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCATTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAcaaa                                                                                   >  1:8509662/1‑125 (MQ=255)
                                                  taattaatATTTATTTTAATATAAATTATCTAATTTTTTATTAGTTTTTATTATTTT‑ATTTAACAATTTAAAAT‑AATTAATTTAATTAAAAAATTT‑T‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTaa                                                                                  <  2:8899099/128‑1 (MQ=255)
                                                    aaaaattttAATTTTAAAATAAAATATCTAATTATTTATTTTTATTTTTTTTTTT‑ATTTATACTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAAAATTT‑T‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTAata                                                                                <  2:1304860/121‑1 (MQ=255)
                                                     taaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCAAaaat                                                                               >  1:1321614/1‑128 (MQ=255)
                                                         ttttatttttAATTTATATTTTCTTATTATTTATTAGTATTTATTTTTTT‑TTTTATCCTTTTAAAAA‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑TA‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGt                                                                            <  1:9790813/120‑1 (MQ=255)
                                                         gATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAcaaaaaatttaa                                                                           >  1:2888972/1‑117 (MQ=255)
                                                         gATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATtttt                                                                           >  2:8753723/1‑128 (MQ=255)
                                                           atAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATACTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTaa                                                                         <  2:10276663/127‑1 (MQ=255)
                                                             aaTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAATATTTTTaaaaaa                                                                     >  1:9277587/1‑127 (MQ=255)
                                                               ttttAATTTAAATTTTCTAATTTTTTTATATTATTGATTTTTTT‑TTTTATAATTTTTATTT‑AATTTTTTTAATTTAAAATTTT‑T‑‑T‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAATAc                                                                     <  2:2072046/126‑1 (MQ=255)
                                                               ttttAATATAAATTAGTTATTTATTTATTATTTTTTATTATTTT‑ATTTATAATTTTATTAT‑AATTAATTTTATTAAAATATTT‑T‑‑‑‑‑T‑‑TTAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑aa                                                                  <  2:7578013/126‑1 (MQ=255)
                                                                 ttAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACATAATATTATTaaaaaa‑aa                                                                  >  2:1165849/1‑128 (MQ=255)
                                                                  taataaAAATTAGCAAATTTTTTATTTGTATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAA‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑aatt                                                                <  1:1865790/128‑1 (MQ=255)
                                                                   aaTATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAACAAATATTTTTaaaaaa‑aaatt                                                               >  1:751324/1‑125 (MQ=255)
                                                                     tataAATTTGCTAATTTTTTATTTGGTTTTTTTTTTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTTTTAAC‑aatatta                                                             <  1:9010603/128‑5 (MQ=255)
                                                                     tataAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AATACAAAATATTGTAAAAAAA‑aattaaa                                                             >  2:5529158/1‑127 (MQ=255)
                                                                      ataATTTAGCTAATTTTTTATTAGTTTTTATTTTTTT‑ATTTATAATTTTAATAT‑AATTTATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑aattaatt                                                            <  1:8167325/128‑1 (MQ=255)
                                                                           ttAGCTAATTATTTATTATGATTGATTATTTT‑ATTTATACTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGt                                                        <  2:4933616/128‑1 (MQ=255)
                                                                             aGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTTATTAAAatat                                                                                                                          >  2:7968444/1‑67 (MQ=255)
                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACATAATATTTATAAAAAA‑AAttaaataataaata                                                    >  2:5740476/1‑122 (MQ=255)
                                                                                 ttgTATTTATTATTATTTATTATTTT‑ATTTATAATTTTTATTT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGAtt                                                 <  2:7814282/126‑1 (MQ=255)
                                                                                   gTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTAAAAAAA‑aataaaataaaaaataaata                                                >  2:1584958/1‑118 (MQ=255)
                                                                                     ttttttaaGGATTTTTTAGTTT‑ATTTAACCTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATttat                                              <  1:8382617/121‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttttattATGTTTGTTTAATTT‑ATTTATACATTAAAAAA‑AATTTATTTAATTAAAAAATTT‑TA‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATtta                                               <  1:4558375/127‑1 (MQ=255)
                                                                                     atttatttTGATTGATTATTTT‑ATTTAACATTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAAATTTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATttat                                              <  1:1000234/128‑1 (MQ=255)
                                                                                     atttattAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATTTTTAAAAAC‑AATAAATAAATAATttatttat                                              >  2:9047043/1‑128 (MQ=255)
                                                                                      tttttttgtattcattAG‑TT‑ATTTATCCTTTTAAAAA‑AATTCAATTAAATAAAATATTT‑T‑‑A‑A‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAACTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTaa                                           <  1:7312121/119‑1 (MQ=255)
                                                                                      tttattATGTTTTTTTAGTTT‑TTTTTTACTTTTAATAA‑AATTAATTTAAATAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATttatta                                            <  2:9398942/128‑1 (MQ=255)
                                                                                      tttattAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AA‑ACATAATTTATTTAAAAAA‑AATTAAATAAAAATTTAATTATTaa                                           >  1:2433268/1‑128 (MQ=255)
                                                                                       ttatatggATTGATTATTTT‑ATTTATACTTTTAATAT‑AATTAAATTAATTAAAATTTTT‑TA‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATttatt                                             <  2:5344009/122‑1 (MQ=255)
                                                                                        tattaGGTTTGATTTTTTT‑TTTTTTCATTTTAAATT‑AATTAATTTATTTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTaa                                           <  1:8040657/128‑1 (MQ=255)
                                                                                              ttttttttttttt‑aattaTTCATTTTATATAAATTAATTAAATAAAAAAATTTAA‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAatat                                       <  2:3605563/118‑1 (MQ=255)
                                                                                                  tattattTT‑ATTTATACTTTTAATAA‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑A‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAtttt                                 <  1:158041/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                   attAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACCAAAAATTCTTAAAAAA‑AATAAATTAATTATATATTATTTAAATATTAttattt                               >  1:9520367/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                    ttatttt‑attTTATCTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑T‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAtttttt                               <  1:8627352/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                    ttAGTTTAATTTAAATTTTAAATA‑‑AATTAAATTAAATAAAAAAATT‑T‑‑T‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAtttttt                               <  2:3056814/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                    ttAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAAAATTTTAAAAAAA‑AATAAATTAAATAATTATTAAAAAAATAATAttttta                               >  1:3606502/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                     tatttt‑atttaTCATTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAAAATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTaa                             <  2:2348741/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                     tAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACATAATATTTTTAAAAAA‑AATAAATAAAATATATATTTATAAAATATTATTTTTTaaa                            >  2:3316856/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                       tttt‑atttaTAATTTTTAAAT‑AATTAATTTAAATAAAATATTT‑T‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAc                            <  1:2580187/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                        ttt‑atttaTCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑ATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAAATTTTTTAAAAAA‑AATAAATTAAATATTTATTAATTAAATATTTTTTTTTaa                             >  1:3283841/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                        ttt‑atttaTCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACATAAAATTTTTAAAAAA‑AAATAATAAATTATTAATTTATAAAAAATAATTTTTaaaaa                           >  1:2693208/1‑126 (MQ=255)
                                                                                                         ttatttaaaatttttAAAAA‑AATAAATTTAATTAAAAAATTT‑A‑‑ATAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAc                            <  2:1862658/117‑1 (MQ=255)
                                                                                                         tt‑atttatCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAATATTTTTAAAAAA‑AATTATTTTATTATTTATTTATTAAATATATTTTTTTAaaaa                          >  2:9631038/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                         tt‑atttatCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAATATTTTTAAAAAA‑AAATAATAAAGTATTTATTATTTAAATATTATATTTTAaaaa                          >  1:8836363/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                             tttatCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACATAATTTTTTTAAAAAC‑AATTAATTAATTATTAATTTATAAAAAATTATTTTTTAAAAAAtt                       >  2:9879645/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                              ttatCCTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGAAATAATATTTTTAAAAAA‑AATAAATTAATTATTTATTTATTAAATATTATTTTTAAACAAATTTaa                    >  2:1011064/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                                ataatattAAAAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑TAAA‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAttt                      <  2:4625643/122‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 tacTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAAAATTT‑T‑‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTAcc                   <  1:9924066/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  ccTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACATAATATTTTTAAAAAC‑AATTATTAAATTATTGATTTATTAAATATAATTTTTTAAAAAATTTAcat                  >  1:1026545/1‑126 (MQ=255)
                                                                                                                  ccTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAGACCAAATATTTTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTATTTTTTTATTAAAAATTATTTTTTAAAAAATTTACCtt                 >  2:8637661/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                   cTTTTAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAATATTTTAAAAAAA‑AATTAATTAATTATTAATTAATTAAATATTATTTTTTAAAAAATTTaaatt                 >  2:383557/1‑124 (MQ=255)
                                                                                                                   attttAATAA‑AATGAATTTTATTAAAAAATTT‑TA‑A‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                  <  2:6724310/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      ttAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑ATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAATTTTTTTAAAAAA‑AATAAAAAAATTATTTATTTATAAAAAATAATATTTTAAAAAAtaaaaattaa               >  2:435447/1‑119 (MQ=255)
                                                                                                                      ttAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATTTTTAAAAACAAATTAATTATTAATATATTTA‑AAAATAAAATTTTTTAACAAAttaaaagttgt              >  1:7012523/1‑119 (MQ=255)
                                                                                                                       ttatat‑TATTAATTTTATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAACTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCt            <  2:10462218/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       tAATAT‑AATGAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAATATTTTTAAAAAC‑AATAAATTAAGTATTTATTATTAAAATATTTTTTTTTAAAAATTTTaaattacaa             >  1:9389059/1‑120 (MQ=255)
                                                                                                                       tAATAT‑AATGAATTTAATAAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAGACATAATATTTTTAAAAAA‑AATAAATTAAGTATTTATTTATTAAATATTATTTTTTAAAAAATTAACAtttataa            >  1:7823804/1‑123 (MQ=255)
                                                                                                                             tatttaaatttatTAAAATATTT‑T‑‑A‑A‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAtt       <  1:8728062/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 |                                                                                                                                        
TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATAT‑AATTAATTTAATTAAAATATTT‑T‑‑A‑AT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAC‑AATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑