| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | CP016816 | 117,963 | (TTA)7→6 | intergenic (+84/+773) | JCVSYN2_00460 → / ← JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 117946 = | 29 (0.020) | 1650 (1.330) | 207/212 | 0.0 | 98.6% | intergenic (+67/+792) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 117942 | 23 (0.020) | intergenic (+63/+796) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 1975 total aligned reads displayed.
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AATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAATATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTAAAC > CP016816/117820‑118073 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |