| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 408841 = | 1809 (1.220) | 52 (0.040) | 42/228 | 20.9 | 3.1% | intergenic (‑105/+23) | JCVSYN2_01790/JCVSYN2_01795 | adenylate kinase/preprotein translocase subunit SecY |
| ? | CP016816 | 408868 = | 1606 (1.200) | coding (1445/1449 nt) | JCVSYN2_01795 | preprotein translocase subunit SecY | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1830 total aligned reads displayed.
AAAGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAATAAAAAAGGCATATTGCCTTTTTTATCAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTTTTAATTGTTGAACAGTTTGAATAGCAACTGAAATACAAAT > CP016816/408741‑408995 | aaaGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAATAAAAAAGGCATATTGCCTTTTTTATc > 2:2839314/1‑128 (MQ=255) aaGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAATAAAAAAGGCATATTGCCTTTTTTATCa < 2:2467144/128‑1 (MQ=255) aaGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAATAAAAAAGGCACATTGCCTTTTTTATCa < 1:198502/128‑1 (MQ=255) aGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAATAAAAAAGGCATATTGCCTTTTTTATCaa > 1:1202331/1‑128 (MQ=255) 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AAAGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAATAAAAAAGGCATATTGCCTTTTTTATCAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTTTTAATTGTTGAACAGTTTGAATAGCAACTGAAATACAAAT > CP016816/408741‑408995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |