| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 105,362 | 0 | A | . | 42.4% | 936.3 / inf | 856 | intergenic (+857/+69) | JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 | translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (279/207); new base . (113/244); total (394/462) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.52e-22 | |||||||||||
Only 100 of 1080 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |