BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	CP016816	420,163	2 bp→TT	intergenic (‑446/+396)	JCVSYN2_01895 ← / ← JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP016816	420,163	0	A	T	99.4%	4378.9 / NA	1402	intergenic (‑446/+397)	JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/5); new base T (730/660); total (734/668)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
*	CP016816	420,164	0	A	T	98.6%	3861.6 / NA	1393	intergenic (‑447/+396)	JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/18); new base T (729/644); total (731/662)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1411 total aligned reads displayed.

CATTCATACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATT‑TAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTATGCT‑CG‑TTTTTTTTTTTTTTTTTA‑CAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGTATATTTATG  >  CP016816/420041‑420289

||

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  ttcatACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATT‑TTTAATTTTAATAAc                                                                                                                            >  2:876663/1‑128 (MQ=255)

   tcatACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTAAAAAAATT‑TTTAATTTTAATAACt                                                                                                                           >  1:642728/1‑128 (MQ=255)

      tACTTTTATTATAATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATT‑TTTAATTTTAATAACTGaa                                                                                                                        <  1:2909774/128‑1 (MQ=255)

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||

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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 15 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`