| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 202,481 | 0 | C | A | 36.4% | 636.3 / 100.2 | 652 | intergenic (+259/‑416) | JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845 | hypothetical protein/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (209/168); new base A (59/157); total (297/355) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 746 total aligned reads displayed.
TAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATAT > CP016816/202353‑202605 | agtttaGTTAGTGTATATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCATCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATc < 2:7767527/123‑1 (MQ=255) agtGAAGTTATTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATc < 2:5599763/128‑1 (MQ=255) agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATc < 2:6537535/128‑1 (MQ=255) agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATc < 2:3073629/128‑1 (MQ=255) agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATc < 2:716302/128‑1 (MQ=255) agtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATACTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAAAAATc > 1:569449/1‑128 (MQ=255) actGAACTTAGTGTAAATAAAATCCTTAAGGTTAATTAAAAAACCATAAACATAAAAATTCTTATAATGTAGATCCCCGTGATCATTTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATc < 1:286672/126‑1 (MQ=255) gtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATcc > 1:6632949/1‑128 (MQ=255) tGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATccc < 1:4054296/128‑1 (MQ=255) aaGTTAGTTTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCt < 1:3216568/128‑1 (MQ=255) aaGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCt < 2:4002137/128‑1 (MQ=255) aGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATcacata > 2:6588472/1‑123 (MQ=255) aGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑ATGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAAAAATccaata > 2:6338237/1‑124 (MQ=255) gTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAAATTAATAATTCTTATAATGTATATCCTCTTGATCTATTATTATAT‑TTGTATATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCAtta > 2:6928271/1‑127 (MQ=255) ttAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATCCCCttaaa > 1:7736444/1‑125 (MQ=255) ttAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑ATGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATccaataaa > 2:7716892/1‑122 (MQ=255) ttAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTATATTAT‑TTTTTTATCTTAACAAATAAAAAAAAAAAAAAcccataaa > 1:2228682/1‑123 (MQ=255) ttAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATAAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATATAGATCCTCTTGATCTATATATAAAT‑ATATATATCTACACAAAAAAAAAAAAAACAAAcccaaaaa > 1:4311440/1‑123 (MQ=255) tAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAAAAAAAAAAAAACAAACCCCtaaaa > 1:4148949/1‑124 (MQ=255) gtgtAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGACCCTCGTGATCTATTTTATTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCttaaaaa > 2:901559/1‑123 (MQ=255) tgtAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTAAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATcaacttaaaaat > 2:7543186/1‑117 (MQ=255) gtAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAAAAATAACCTTaaaaaat > 1:763618/1‑127 (MQ=255) aataatAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCC‑‑‑taaaaaataaaa > 1:7676243/1‑128 (MQ=255) aataatAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATACACttaaaaattaaa > 2:6284920/1‑118 (MQ=255) ataataGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCACC‑‑Ttaaaaattaaaa > 1:6582581/1‑128 (MQ=255) aataGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAAACCCC‑‑Ttaaaaattaaaaaa > 1:6803396/1‑128 (MQ=255) ataGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaa > 1:1918502/1‑128 (MQ=255) agagTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑ATGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAAACACC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaa > 2:6657448/1‑128 (MQ=255) agTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCAC‑‑ATTAAAAATTaaaaaaaaaaa > 2:6140760/1‑128 (MQ=255) agTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAAAAACC‑‑TAAAAAAATaaaaaaaaaaa > 1:4989581/1‑128 (MQ=255) tAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCTTGATCTATTTTTTTAT‑TTATTTATCTTAACAAATAAAAAAAAAACAA‑‑‑ACAAATAAAAAATaaaaaaaaaaaaaaa > 1:1573181/1‑128 (MQ=255) tAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTATTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAAACCCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 2:1915298/1‑128 (MQ=255) tAAGGTTAATTAAAATACAATAAAATTAATAATTATTATAATTTATATAATATTTATCTATTTATTTAT‑TTTTTTATCTTCAAAAATAAAAAAAAAACAATAAAC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaa > 2:5856691/1‑128 (MQ=255) aaGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCt < 1:1717928/105‑1 (MQ=255) aaGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaa > 1:6273252/1‑128 (MQ=255) aaGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGATATCTATTTTTTTAT‑ATGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAAAAATAAAC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaa > 2:2498027/1‑128 (MQ=255) aaGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTATTATAATTTATATCATCTTTATCTATTTTTTTAT‑TTTTTTATCTTCAAAAATAAAAAAAATAAAAT‑‑AAAATTAAAATATaaaaaaaaaaaaaaa > 1:3812974/1‑128 (MQ=255) atgTTAATTAAAAAAAAATAAAATTAATAATTTTTTATATTTTTATCCACGTTATTTATTTTTTTTT‑TTTTTTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaa < 1:709861/126‑1 (MQ=255) aGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTTTTTATCTTAACAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAC‑‑‑TAAAAAATtaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:3616058/1‑128 (MQ=255) aGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCAAC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:5983295/1‑128 (MQ=255) tgTTAATTAAAATTAAATAAAATTAATAAATAATAAAATTTATATCAACGTTATATATTTTTTTAA‑TTTTTTAAATTAACAAAAAAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaa < 2:5458135/127‑1 (MQ=255) tgTTAAATAAAATAACAAAAAAATAATAATTATTATAATTTATATACTCTTTATCTATTTTTTTTT‑TTGTTTATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaa < 2:7102373/127‑1 (MQ=255) ggTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCTTGATCTATTTAATTAT‑TTATTTAACTTCACAAATAAAAAAAAAACAA‑‑AAAAATTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaa > 2:818312/1‑128 (MQ=255) ggTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAAACCC‑‑ATTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:2012265/1‑128 (MQ=255) ggTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATATTCACAAATAAAAAAAAAAAAAT‑‑‑CAAATAAAAAATtaaaaaaaaaaaaaaaaa > 2:1788799/1‑128 (MQ=255) ggTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTA‑TTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAAAAATCCAC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:1117377/1‑128 (MQ=255) gTTAATTTAAAAAACAAAAAATTAATAATTATTATAATTTATATCCTCTTTTTAAATTTTTTTTT‑TTTTTTATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaaa < 2:4311440/128‑1 (MQ=255) ttaattaaAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:6365616/1‑128 (MQ=255) ttaattaaAATAAAAAAAAAATAAAAATTATTAAAATTTAAAACCACGTTTTTAATTTTTTTAT‑TTTTTTAACATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaa < 2:2744688/128‑1 (MQ=255) taattaaAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTATATCCTCTTAATCTATTTTTTTAT‑TTTTTTATCTTAACAAATAAAAAAAAAAAAAAAAC‑‑ATAAAAAAATaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:5262364/1‑128 (MQ=255) aattaaAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:6038970/1‑128 (MQ=255) attaaAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTTATCTATTTTTTTAT‑TTTTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAAAAATAAAC‑‑TTAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 2:2706974/1‑127 (MQ=255) taaaataaaataaaaAAAATAATTATTAAAATTTATATCATATTTTTATATTTTTTTAA‑TTTTTAATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTa < 2:3876802/128‑1 (MQ=255) aaaaTACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTACACAAATAAAAAAAAAAAAAAAAC‑‑ATAAAAAATTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:2431328/1‑124 (MQ=255) atttataTAAAATTTATTATTATTATATTTTAGTTCTTCTTTATTTATTTTTTTTT‑TTTTTTTTATTAAAAAAATAAAAAAAAAAAATCCCCTT‑‑‑ATAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTaaaaa < 1:6124863/122‑1 (MQ=255) aataaaataaaataaaAAATTCTTAAAATTTTAATCAACGTTATCAATTTTTTTAT‑TTTTTTATAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCC‑‑ATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTaaaa < 2:7320818/122‑1 (MQ=255) aaTACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTAACAAATAAAAAAAAAACAAT‑‑CCAATTAAAAATTAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:4607547/1‑128 (MQ=255) aaTACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCACGTGATCTATTTTTTTAT‑TTTTATATCTTAACAAATAAAAAAAAAAAAATCCC‑‑ATTAAAAATTAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:2735731/1‑128 (MQ=255) tACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATaaaaaa > 1:971409/1‑127 (MQ=255) ccATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATATTTTTAA‑ATGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAAACCCC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAaaaaaacaaaaaaacac > 1:6737125/1‑127 (MQ=255) aaaataataaTTATTAAAATTTTTATACTCCTGTTCTATTTTTTTAT‑TTTTTTATATTAAAAAATAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAActct < 2:3660956/124‑1 (MQ=255) aataataaTTATTAAAATTTATATACTAGTTATATATTTTTTTAA‑TTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCC‑‑ATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTAt < 2:5015928/126‑1 (MQ=255) tttATAAATTAGATCCACGGGATTTATTTTTTTTT‑TTTTTTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTaaa < 1:5899913/127‑1 (MQ=255) ataATTTAGATCCTCGTTTTTTATTTTTTTAT‑TTGTTTATATTAACAAATAAAAAAAAAACAATCCCATT‑‑‑AAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTccc < 2:2594452/128‑1 (MQ=255) ttttcttCCTCTTTATATATTTTTTTAT‑TTTTTTTTATTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCC‑‑TTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCtat < 1:7806895/122‑1 (MQ=255) attcttgTGATCTTATTTTTTAT‑TTTTTTATCTTCAAAAATAAAAAAAAAA‑AATTCCCTT‑‑‑AAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACca < 1:752211/122‑1 (MQ=255) actagTGATCTAATTTTTAAT‑ATTTTTATATTAACAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑ATAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACca < 2:3330584/124‑1 (MQ=255) acTCGTGATATTTTTTTTTAT‑TTTTTTATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCC‑‑‑ATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACcac < 2:6737921/127‑1 (MQ=255) ttttttttatatttttttat‑tt‑tttATTTTTACAAAATAAAAAAAAAAAAAATAC‑ATTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACcac < 2:7233439/119‑1 (MQ=255) atctttttatttttttttAA‑TTTTTTATATTAAAAAATAAAAAAAAAAAAATACCCTTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATAcc < 2:4877093/117‑1 (MQ=255) actttttttttattttttat‑tt‑tttaTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCC‑ATAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACcac < 2:1127641/116‑1 (MQ=255) actttatttatttttttat‑tttttTAAAATAACAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCC‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACcac < 2:6481458/120‑1 (MQ=255) attGATATATTTTTTTAT‑TTTTTTAAATTCAAAAAAAAAAAAAAAACAATCCCCTT‑‑‑AAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACatt < 2:698915/126‑1 (MQ=255) gttttcatattttttat‑ttttttatAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACCC‑‑ATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACatt < 2:6401863/119‑1 (MQ=255) tttttttattttttat‑ttttttatATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCC‑‑TTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattt < 1:7153928/120‑1 (MQ=255) ttctCTTTTTTTTTAT‑TTGTTTATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattt < 1:872231/125‑1 (MQ=255) tttttttttttttat‑ttttttttattAAAAAATAAAAAAAAAAAAATAACATT‑‑‑AAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACatttta < 1:698289/122‑1 (MQ=255) ttataaattttttat‑ttttttatTTATAAAAATAAAAAAAAAAAAAATCCCTTT‑‑‑AAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCTCatttta < 1:7199728/121‑1 (MQ=255) taattttttttttat‑ttttttaTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACatttt < 2:4694484/122‑1 (MQ=255) gctagaTTTTTTTATATTTTTTTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGGC‑‑AAAATAATTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattt < 1:5173094/123‑1 (MQ=255) attattattttttat‑tt‑tttaTAATTAAAAATATAAAAAAAAAAAAAACCCATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattt < 2:2167311/121‑1 (MQ=255) ttttATTTTTTTTT‑TTTTTTATATTTAAAAATAAAAAAAAAAAAAAACCC‑TTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACatttt < 1:6897235/125‑1 (MQ=255) aaatATTTTTTTAT‑ATTTTTATATTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCC‑ATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACatttt < 2:7388390/125‑1 (MQ=255) aaattttttat‑tttttaTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACCCTT‑‑‑AAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattttatttt < 1:7283701/125‑1 (MQ=255) ttttttttAT‑TT‑TTTATTATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAATAAACA‑TAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattttatttt < 1:6397658/127‑1 (MQ=255) aTTTTTTTTT‑TTTTTTATATTAAAAAATAAAAAAAAAAAAATACAC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACattttatttt < 2:41398/128‑1 (MQ=255) tttttttat‑ttttttaACATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAACCC‑‑TTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTAttttt < 2:680555/128‑1 (MQ=255) tttttttAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAACAAACTCAATTTATTAAAATACCCATTTATACCAAatttttttaaa > 1:7444167/1‑125 (MQ=255) tt‑tttttTATATTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAT‑ACCATTAAAAATAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATaa < 1:813818/127‑1 (MQ=255) ttatatattaaaaaaTAAAAAAAAAAAAATAAC‑‑ATTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGata < 2:5153600/116‑1 (MQ=255) tttaaaataacaAAAAAAAAAAAAACAATCCCC‑TTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGata < 2:5940221/119‑1 (MQ=255) tttATATTTAAAAATAAAAAAAAAAAAATACCC‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGata < 2:2856035/128‑1 (MQ=255) ttaaataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaATCCCC‑‑ATAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATAtt < 2:5275650/118‑1 (MQ=255) ttATCATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACAC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATAtt < 1:6518225/128‑1 (MQ=255) taatattaaaaaaTAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATAtt < 2:1407018/118‑1 (MQ=255) tATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAACAAACTATATTTATTAAAAATAAAAATTATAACAAATTTTATTTTAAAAAAAAAATAtta > 2:7608892/1‑127 (MQ=255) attattaaaaaaTAAAAAAAAAAAAATCACC‑ATTAAAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTg < 2:1648595/119‑1 (MQ=255) ataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCCCATAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACa < 2:1986118/124‑1 (MQ=255) caAATAAAAAAAAAAAAATCACATT‑‑‑AAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAatat < 2:2367352/128‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaATTCAC‑TTTAAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTa < 2:6023107/128‑1 (MQ=255) | TAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTAT‑TTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATAT > CP016816/202353‑202605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |