| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 20,023 | 2 bp→TA | intergenic (‑744/‑392) | JCVSYN2_00065 ← / → JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP016816 | 20,023 | 0 | A | T | 99.6% | 9936.9 / NA | 3341 | intergenic (‑744/‑393) | JCVSYN2_00065/JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
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| * | CP016816 | 20,024 | 0 | T | A | 99.5% | 10056.9 / NA | 3338 | intergenic (‑745/‑392) | JCVSYN2_00065/JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/7); new base A (1783/1537); total (1793/1545) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 3381 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |