| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 311149 = | 351 (0.170) | 590 (0.330) | 123/212 | 18.1 | 69.6% | intergenic (‑72/‑242) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| ? | CP016816 | = 311154 | 220 (0.120) | intergenic (‑77/‑237) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 883 total aligned reads displayed.
TAATTTTTCAAATTACTTTTTTAAATAAAAATAGATTTTATTAGTAAATAAGTAGTATATTTACTATTTTTTTACTTTATAAACGGTTGCTATTATACCATATTTTCATTTACATATTGCAT‑‑TATATATATATATATATATATATATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/311296‑311149‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatatatatatatatatataTATATAATGAATGTATGTTATATATGTTTTGAATCGTATGTAACAAGTATTTTATTTTTTAATAAGGGGTGTGTAAAATGAAAAAGTTAATTACAATTTTAAGTTCATTTGGATTAGTTATTACAAC < CP016816/311154‑311028 AATTTTTCAAATTACTTTTTTAAATATAAATAGATTTTATTAGTAAATAAGTAGTATATTTACTATTTTTTTACTTTATAAACGGTTTCTATTATACAATATTTTCATTTACATATTGCAT‑‑TATATAT > 2:771391/1‑128 AATTTTTCAAATTACTTTTTTAAATAAAAATAGATTTTATTAGTAAATAAGTAGTATATTTACTATTTTTTTACTTTATAAACGGTTGCTATTATACCATATTTTCATTTACATATTGCAT‑‑TATATAT > 2:860718/1‑128 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ATATATATAATGAATGTATGTTATATATGTTTTGAATCGTATGTAAAAATTATTTTATTTTTTAATAAGGGGTGTGTAAAATGAAAAAGTTAATTACAATTTTAAATTCATTTGGATTAGTTATAACA > 1:803466/1‑128 TATATATAATGAATGTATGTTATATATGTTTTGAATCGTATGTAACAAGTATTTTATTTTTTAATAAGGGGTGTGTAAAATGAAAAAGTTAATTACAATTTTAAGTTCATTTGGATTAGTTATTACAA < 1:2687249/128‑1 TAATTTTTCAAATTACTTTTTTAAATAAAAATAGATTTTATTAGTAAATAAGTAGTATATTTACTATTTTTTTACTTTATAAACGGTTGCTATTATACCATATTTTCATTTACATATTGCAT‑‑TATATATATATATATATATATATATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/311296‑311149‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatatatatatatatatataTATATAATGAATGTATGTTATATATGTTTTGAATCGTATGTAACAAGTATTTTATTTTTTAATAAGGGGTGTGTAAAATGAAAAAGTTAATTACAATTTTAAGTTCATTTGGATTAGTTATTACAAC < CP016816/311154‑311028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |