Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG54.4% 1089.5 / inf 1142intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (112/386);  new base G (439/154);  total (598/544)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1354 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGC  >  CP016816/105212‑105466
                                                                                                                                 |                                                                                                                                    
    taatgaatacTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATaatgaatt                                                                                                                                  <  1:1050272/119‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATaatgaatt                                                                                                                                  <  2:3653179/128‑1 (MQ=255)
      aacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAAtgaattta                                                                                                                                >  1:1637559/3‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTTATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAAtgaatataa                                                                                                                               >  2:4093586/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAAtgaatttaa                                                                                                                               <  1:1003285/128‑1 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATTATTTATTAGTTTATTTAT‑AATTT‑TAATATAAttaatttaaa                                                                                                                              >  1:831302/1‑127 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAAtgaatttaat                                                                                                                              <  1:1723331/128‑1 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAAtgaatttaa                                                                                                                               >  1:758857/1‑123 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAATATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAAttaaattaaa                                                                                                                          >  1:2626052/1‑128 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAat                                                                                                                        <  1:1841221/128‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAACTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAat                                                                                                                        <  1:990230/128‑1 (MQ=255)
                ttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAatatat                                                                                                                      >  1:556295/1‑128 (MQ=255)
                ttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CATTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAatat                                                                                                                      >  1:4115201/1‑128 (MQ=255)
                ttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAAAAATAAATATTAATTTTAATATAAATAATCTAAATATATATTAGAAATAAATATATTAATTAT‑AAATT‑AAAAATAATAAATAAAATTAAAaaat                                                                                                                      >  1:634082/1‑128 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTATAAAATAAATTAGCTAAGTATTAATTATAATTTATTATTTTATATAT‑CATTA‑TAATAAAATAAATATAATTAAAatata                                                                                                                     >  1:121220/1‑127 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATTATTGATTAGTTTATTAAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATAtt                                                                                                                     >  1:931856/1‑128 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATAtt                                                                                                                     >  1:3511312/1‑128 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTt‑‑a                                                                                                                >  2:3954958/1‑128 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTt‑‑a                                                                                                                >  1:4292343/1‑128 (MQ=255)
                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTt‑‑aa                                                                                                               >  1:1551386/1‑128 (MQ=255)
                      ttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTTATTATTTTATATAT‑AATAT‑TAATATAATTAAATTAATTAAAATATTTt‑‑aat                                                                                                              >  2:2998143/1‑128 (MQ=255)
                      ttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTt‑‑aat                                                                                                              >  1:3454330/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTAAATTTTTTTATTATTAAATAATAAATATTAATTTTAAAATAAATTATCTAATTATTTATTAGGATTTAATATTTTATTTAT‑ACTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑aaaa                                                                                                        <  2:2092676/128‑1 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTAT‑CATTT‑TAATATAATTAATTAAATTAAAATATATT‑‑AAT‑‑aaaaaa                                                                                                      >  1:2560108/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATTATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTAT‑TAATATAATTAATTTAATAAAAATATATa‑‑aaa‑‑aaaaaa                                                                                                      >  1:1988187/1‑128 (MQ=255)
                               cACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑aaaaaaaaa                                                                                                   >  1:406492/1‑128 (MQ=255)
                                aCTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATAATTAATTAATATATTTAT‑AAAAT‑TAATAAAATAAATAAAATTAAAATAAAAT‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaa                                                                                                  >  1:3296949/1‑128 (MQ=255)
                                  ttattaTAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaa                                                                                                >  1:3562641/1‑128 (MQ=255)
                                    attatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGTTAGATTAGTTTATTTAT‑ACTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAAAAATTT‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaa                                                                                              >  1:1460293/1‑128 (MQ=255)
                                     ttttaGTTTGAAATAATAAATATTAATGTTAAAATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTTATTATTTTATTTAT‑CCATT‑TAATAAAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                             <  2:196755/125‑1 (MQ=255)
                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTAT‑ACTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATATT‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                            >  1:2712769/1‑128 (MQ=255)
                                         aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTAT‑AATAA‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATATT‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                         >  1:250058/1‑127 (MQ=255)
                                          gTATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATGTTTGTTTAGTTAATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACa                                                                                        <  2:2813769/128‑1 (MQ=255)
                                           tATGTAATAATAAACATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTTTTTTTTAGGATTGATTAGTTTTTTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                       <  1:133401/128‑1 (MQ=255)
                                            aTGAAATATAAATTATTAATGTTAATATAAATTTTTTAATTATTTATTTTGATTTTTTATTTTATTTAT‑ACTTT‑TAATATTATTAATTTAATTAAAATAATTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGa                                                                                     <  1:3406253/128‑1 (MQ=255)
                                             ttaaaTAATAAATATTAATTTTAATATAAATTTTCTAATTTTTTATTTTGATTGATTAGTTTAATTAA‑ACATT‑TAATATAATGAATTTAAATAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGa                                                                                     <  2:3739846/126‑1 (MQ=255)
                                             tGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTTTTATGATTGTTTATTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATTTAATGAATTTAATTAAAATTTTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGa                                                                                     <  2:1672402/128‑1 (MQ=255)
                                              taaaatataaATTTTAATTTTTATAAAAATTATTATATTTTTTATTTGGTTTTTTTTGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATAAAATTTAATTAATTAAAAAATTTT‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                    <  1:1404142/122‑1 (MQ=255)
                                              gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTAT‑AATTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                    >  2:1782354/1‑125 (MQ=255)
                                               aaaTAATAATTATTAATTTTTATATAAATTATAAAATTATTTATTATGAATGTTTAGTTTATTTAT‑CATTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCt                                                                                  <  2:2901599/128‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                   >  1:4422657/1‑124 (MQ=255)
                                               aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTA‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                   >  1:2360280/1‑124 (MQ=255)
                                                aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaat                                                                                  >  1:2106831/1‑123 (MQ=255)
                                                aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                  >  2:3417403/1‑123 (MQ=255)
                                                  taattaatATTAAATTTAATATTAATTATATAATTATTTATTATTATTTTATATTTTATTTAT‑CATTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAat                                                                               <  2:1873408/128‑1 (MQ=255)
                                                  taataaATATTTATTTTAATTTAAATTTATTAATTTTTTATTATGTTTTTTTATTTTAATTAT‑AATTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTaa                                                                                <  1:4556557/128‑1 (MQ=255)
                                                  taaaaaATATTAATTTTATTTAAAATATTCTAATTTTTTATTTTTATTTATTA‑TTTATTTATAAATTT‑TAAATTAATTAATTTAATAAAAATTTTTT‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTaa                                                                                <  2:2251270/128‑1 (MQ=255)
                                                   aataaataTTAATTTTAATATAAATTAGCAAATTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAat                                                                               <  2:1065992/128‑1 (MQ=255)
                                                     taaAGTTTAATGTTAATATTAATTATCTAATTATTTAATAGGATTGATTATTTTATTTAT‑AATTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTg                                                                           <  2:3107912/128‑1 (MQ=255)
                                                        aGATTAATTTTAATATAAATAAGTTAATTTTTTATTAGGTTTGATATTTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAAATTAATTAAAAAATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGt                                                                          <  1:2276754/128‑1 (MQ=255)
                                                           ttAATTTTAATATAAATTTTATTAGTATTTATTTGGTTTTTTTTGTTTTTTTTT‑TCATT‑TAATTTAATTAATTTATTTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTaa                                                                       <  1:4357674/128‑1 (MQ=255)
                                                            tAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATAAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAATATTATTaaa                                                                      >  2:1582976/1‑128 (MQ=255)
                                                             aaTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATTTTTaaaa                                                                     >  2:1429639/1‑128 (MQ=255)
                                                                  tAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AATAACTAATATTTATAAAAAAaatta                                                              >  2:2415179/1‑128 (MQ=255)
                                                                  attatttaaTTATCAAATTTTTTATTATGTTTTTTTAGTTTATTTAT‑CTTTT‑TAATATAATTAATTTATATAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaat                                                                <  2:3482526/121‑1 (MQ=255)
                                                                     tattAATTTTCTAATTTTTTATTTTGTTTTATTTTTTTTTTTAT‑CCATT‑TAAAATAATGTATTTAATTAAAAAATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaa                                                             <  2:4148680/128‑1 (MQ=255)
                                                                     tataAATTATATAATTTTTTTTTATTTTTGATTATTTTAATTAT‑TATTTATAAT‑TTATTAATTTATTTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaat                                                            <  2:2642606/128‑1 (MQ=255)
                                                                       taAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATAATTTAAAAAAAaaataata                                                           >  2:4022413/1‑127 (MQ=255)
                                                                        aaaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTCT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAATATTTAAAAAAAAttaattaa                                                         >  1:2056350/1‑128 (MQ=255)
                                                                         aattttcaaattattttttATGATTGTTTATTTTATTTAT‑ACTTT‑TAAAATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑TATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAattaatta                                                          <  2:3593776/117‑1 (MQ=255)
                                                                          attatatAATTATTTATTATTATTTATTAGTTTATTTAT‑AATTT‑TAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAg                                                        <  2:3884575/122‑1 (MQ=255)
                                                                              ccTAATTATTTTTTATGATTGTTTAGTTTATTTAT‑CATTT‑TAATATAATGTATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑Ctt                                                   <  2:3824369/127‑1 (MQ=255)
                                                                                    tatttattAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATAAATTTTTTAAAAAAAAttaataaaatatatattta                                              >  1:3901987/1‑117 (MQ=255)
                                                                                    tatttattAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAATACATAATATTTTTAAAAACAATTAATAAATA‑CTTtatttatt                                           >  2:3535841/1‑128 (MQ=255)
                                                                                     atttatttGGATTGATTATTTTATTTAT‑ACTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AA‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATttatt                                           <  2:481598/128‑1 (MQ=255)
                                                                                       tttttttgttttattattTTATTTAT‑ATATT‑TAATATAATTTATTTAATTAAAAAATTTTA‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATttatt                                           <  1:2430713/116‑1 (MQ=255)
                                                                                       ttattaTGATTTATTATTTTATTTAT‑ACTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTaa                                         <  2:904667/128‑1 (MQ=255)
                                                                                        tattaGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAGAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTaa                                         <  2:3340016/128‑1 (MQ=255)
                                                                                            atgttttattattTTATTTTT‑ACATT‑TAAAAAAATGAAATTAATTAAAAAATTTT‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAatat                                     <  1:2818934/121‑1 (MQ=255)
                                                                                                 ttttttttttatttaT‑ACTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTAttt                                <  2:2562758/121‑1 (MQ=255)
                                                                                                 ttattAGTTTATTTAT‑TCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTAtttt                               <  1:3736558/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                   tttattttattTAA‑TATAT‑TAATATAAATAATTTTAATAAAATATTTTAAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTAttt                                <  2:4280230/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                    ttattttattTAT‑ACTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAATATTTTT‑‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTAttttt                              <  2:2494401/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                    ttATTTTAATTAT‑AATTT‑TAAAATATTTTATTTTATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTa                            <  1:367984/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                    ttAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCAAATATTTTTAAAAAAAATTAATTAACT‑ATTGATTT‑TATAATATttttttttt                            >  1:524063/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                     tAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAATATTTTTAAAAAAAATTAATTAATT‑ATTTATTTATTAAAAAATAttttta                             >  2:542245/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                       gTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTAAAAAAAATAAATTAATA‑ATATATTTATTAAATATTATTTTTTaaa                          >  1:32043/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                        ttttttttttatttt‑tAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAc                          <  1:4243049/116‑1 (MQ=255)
                                                                                                         ttatttat‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAATATTTTTAAAAAAAATTAATTAATT‑ATTTATTTATTAAATATTATTTATAAAAAAAt                      >  1:41702/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                             ttat‑CCTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTAAAAAAAAATAAATAAATA‑ATTAATATATAAAAAATAATTTTTTAAAAAAtaa                    >  1:362251/1‑126 (MQ=255)
                                                                                                                tatcTTT‑TAATTTATTTTATTTAATTAAAATATTTA‑‑AAT‑‑‑‑AAAAAAAATAAAAAAACAATACCTAATATTGTTAAATACAATTAATTAAGT‑CTTGACTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                <  2:4344086/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  ccTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAACACTAAATTTTTTAAAAAAAAATAATAAATT‑ATTTATTAATTAAAAATTTTTTTTTAAAAAAttaaaatt               >  1:2892509/1‑122 (MQ=255)
                                                                                                                  cattt‑tAATATAATTAATTTAAATAAAAAATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                <  2:2331561/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  acTTT‑TAATTTAATTAATTTAAATTAAATATTTT‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                <  1:3963307/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  acTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                <  2:116654/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  aattt‑tAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                <  2:1306592/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   cTTT‑TAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAATTTTTTTAAAAAAAATTAATAAAAT‑ATTTATTTATTAAATATTATTTTTTAAAAAATTTAca                 >  2:4221763/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                                   cTTT‑TAATATAATGAATTTAATAAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAATAATATTTTTTAAAAAAAATAATTAAATAATTAATTTAAAAAATATTATATTTAAAAAAAttaaaatt               >  2:4505569/1‑122 (MQ=255)
                                                                                                                      t‑tAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAATATTTTAAAAAAAAATAAATAAATT‑ATTTTTTATTTAAATATTATTTTTAAAAAAATTAAACttaaa            >  1:3111334/1‑125 (MQ=255)
                                                                                                                       taaattttatttatttatttAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAATACTAGACCTAATATTGTTTAAACCAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATTTTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGc           <  1:3845134/120‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          atttaattaatTTAATTAAAATATTTT‑‑AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGc           <  2:4412266/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          aaaaaattaataTAATTAAAATATTAT‑‑AAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTaa        <  2:767577/124‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ttaaattaattTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTaa        <  2:595947/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           tataATGAATTTAATTTAAAAATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTaa        <  2:3256571/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           tataATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACATAATATTTTTAAAAAAATTTAATTAAGT‑ATTGATTTTTTAAATATTATTTTTTAACAAATTAACCTTAAGATaa        >  2:3706562/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                             taattaatTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAtt     <  1:1141492/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             taattaatTTAATAAAAAAATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACATAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAt      <  1:2193842/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             taatgaatTTAATTAAAATATTTT‑‑AATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTAATATTTTTAAAAACAATAAATTAATT‑ATTGATTAATAAAAAATTATTTTTTAACAAATTAACCTTGAGATaaa       >  1:4511504/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                              aattaattTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAtt     <  2:1526203/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               attatttAAATTAAAAAATTTT‑‑AA‑‑‑AAAAAATAACTATAAAAACTAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAg   <  1:2981544/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 |                                                                                                                                    
TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTAT‑CCTTT‑TAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGC  >  CP016816/105212‑105466

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑