| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 437881 = | 271 (0.300) | 150 (0.200) | 48/206 | 33.4 | 42.1% | intergenic (‑185/+237) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 437886 | 189 (0.250) | intergenic (‑190/+232) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
AAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/438029‑437881‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatatatatATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATTAAAAATGAAACTTACAACTACAAAAATA < CP016816/437886‑437760 AAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACAAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑‑‑ATATATA > 2:1564711/1‑128 AATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑‑‑ATATATATAT > 2:423550/1‑128 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ttaatATCTAAATTATTAAATTTATAAAATATAAATAAAAACTACAAATATAAGAAAAACTAAGATCTAAATTTCACCATTTTATTCTTATCGATTGC‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATAT < 1:20990/123‑1 TAAAAATCTATATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACAATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATAT < 1:1101765/128‑1 AAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATA > 2:59012/1‑128 AAATCTAAATTAATAAAATAATAAACTATAAATAAAAACTACAAAAATAAGACCAACTCAGATCTAAATATCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATgcaag < 2:89006/128‑6 taTAAATTATTATATATATAAAATATAAATAAAAACTAAAAATTTAAGACAAACTCAGATATAAATATCTCAATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATATCA < 1:1565354/126‑1 TTTATAAAATATAAATAAAAAATAAAAATTTAATACCTACTCATATATAAATTTAACAATTTTATTATGATCGCTTGA‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGT < 1:1388078/128‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |