| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 437881 = | 279 (0.310) | 134 (0.180) | 38/210 | 39.0 | 37.6% | intergenic (‑185/+237) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 437888 | 210 (0.280) | intergenic (‑192/+230) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
AAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/438027‑437881‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatatatATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATGAAACTTACAACTACAAAAA < CP016816/437888‑437762 ATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGCTCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑ATATATATATA > 1:1789219/1‑128 TATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTTC‑‑ATATATATATAT > 2:819404/1‑128 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ATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATGAAACTTACAACT < 2:629131/128‑1 ATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTAATTTCATAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATGAAACTTACAACT > 1:57519/1‑128 TATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATGAAACTTACAACTA < 1:419856/128‑1 TATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATG > 1:162818/1‑115 TATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATGAAACTTACAACTACA < 1:990617/128‑1 ATATATATATATCATTAACTCTATATGTAATTTGGAGGTTTTTGATTTGCTTCATTTGCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTAATA‑AAAAATGAAACTTAtttttgta < 1:100244/128‑9 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TATATATATCATTAACTCTATAGGTATTATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATGAAACTTACAACTACAAAAA < 1:1229033/128‑1 TATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATGAAACTTACAACTACAAAAA < 1:1331809/128‑1 AAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/438027‑437881‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatatatATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTT‑ATT‑AAAAATGAAACTTACAACTACAAAAA < CP016816/437888‑437762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |