Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP016816 | 34,945 | 1 | . | A | 43.4% | 88.4 / inf | 587 | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (109/223); new base A (241/14); total (350/237) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-05 |
Only 100 of 692 total aligned reads displayed.
CTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34818‑35072 | tttACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTTAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTAGATTTTTATATTT‑ACTA‑TA‑‑‑G‑‑‑‑a > 2:168671/1‑128 (MQ=255) ttACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGAG‑TTTAGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑a > 2:1840221/1‑128 (MQ=255) tttATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑aaaaaaaa > 2:552453/1‑128 (MQ=255) ttccgatctCAACAAAAATATTAACAAATTCTTAACCAATTACAATGCTAATTTAATTTTATTAAAAATAA‑AATATTAAACAAAATACATTTTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTT‑TT‑‑‑T‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaa < 2:623945/120‑1 (MQ=255) tATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaa > 1:1920857/1‑128 (MQ=255) tATGAGTTTAAACAAAAAGAGTAAGAAATGATGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACAAAATACATAGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaa > 1:453032/1‑128 (MQ=255) aTGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaaa > 2:1263106/1‑128 (MQ=255) aGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGAG‑TATGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaaaaaa > 1:738100/1‑128 (MQ=255) ttCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGATTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaaaaaaaat > 2:1189425/1‑125 (MQ=255) caacaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaaaaaaaaaat > 2:1585676/1‑126 (MQ=255) caacaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 2:1293028/1‑126 (MQ=255) caacaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGATAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTAGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 2:133127/1‑126 (MQ=255) aacaaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaaaaataaaaaa > 2:747154/1‑121 (MQ=255) aaaaaaaTATTTAGAAATGTTTAACCATTTAAAATTTTAATTTATGTTTTTTAAAAATAA‑AATATTAAACAAAATTAATTGTT‑TTTGGTTTTTTTTTTT‑AATATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAataatat < 1:548497/126‑1 (MQ=255) caaAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑TAAAAAAAAAAAaa‑aataaa‑a‑t > 1:1636123/1‑128 (MQ=255) aaaaaGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAataatata‑a > 2:428035/1‑128 (MQ=255) aaaaaGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAaaaaaaaa‑a‑t > 2:1455309/1‑128 (MQ=255) aaaaTAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTAAAATGCTAAGGGAAGTTGATTAATAATAA‑AACATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑tt < 2:1512378/128‑1 (MQ=255) aaaaGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAataatata‑a > 2:1969881/1‑128 (MQ=255) agagTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑a‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatttt > 1:1119404/1‑118 (MQ=255) taataaATGCTTAACAAAGAACAATGCTAATTTAATTTTATGAAAAATAA‑AATATAAAACCAAATACTTTGTG‑TTTGGTTTTTTAATTT‑ACAA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATa < 2:1409285/128‑1 (MQ=255) attaaTGCTGAAACAAATACAATTGTAATGTTATTTGTTTAATAATAA‑AATATTAAACCAAATACATTTTG‑TTTGGTTTTTTTTTTT‑AATT‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACta < 1:1770220/125‑1 (MQ=255) aaaaaTGATGAACAAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGTTTAATAATAA‑AATTTTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTTTTT‑AATA‑TT‑‑‑‑‑‑‑‑T‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACtat < 1:1006183/126‑1 (MQ=255) taaaTGGTGAACCAATTACAATTCTAATTTAAGTTTATTAATAATAA‑AATATTAAACCAAATACATTTTT‑TTTGGTTTTTTTTTTT‑AATATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACta < 1:685607/127‑1 (MQ=255) aaaTGCTTAACCAAGTAAAATTTTAAGTTAAGTTTATTAATAATAA‑AATATTAAACAAAATAAATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACtat < 2:1491509/128‑1 (MQ=255) aaaTGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATAAA‑A‑TTTGAATAAtata > 2:171253/1‑128 (MQ=255) aaTGCTGAACCTAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTTAATAatat > 2:649749/1‑128 (MQ=255) aaTGATCAACAAATTAAAATTCTAAGTTAATTTTATTAAAAAAAA‑AACATAAAACCAAATAATTTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATT‑TTTA‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACtat < 2:100188/128‑1 (MQ=255) aTGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAAAATA‑A‑TTTGCATACtata > 1:1477549/1‑128 (MQ=255) aTGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTTAATAATATaa > 1:911734/1‑128 (MQ=255) tGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAAAAAA‑A‑ATTAAAAAATATaaaa > 1:1387810/1‑128 (MQ=255) aCCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑T‑TTTGAATAATATAAAAAATTg > 1:520438/1‑128 (MQ=255) ccAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGTTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATA‑A‑TATAAATAAAATaaaaaaattt > 1:334034/1‑124 (MQ=255) ttaaaaTGCTATTTGAATTTGTTTAATAAAAA‑AAAATTAAAAAAAAAACATTTTT‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATA‑TTTAAA‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGttt < 2:834477/124‑1 (MQ=255) gTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATA‑TTTTCAAAAAAAAAAAAATTAttttt > 1:1240088/1‑128 (MQ=255) gTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATA‑A‑TTTGCATAAAATAAAAAATTTTTTTTc > 2:86617/1‑128 (MQ=255) aTGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTAAATAAAATAAAAAATTTTTTTTAAAAt > 1:1729237/1‑128 (MQ=255) tGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATAATATAAAAATTTGTTTTTCAAATaatt > 2:1863238/1‑126 (MQ=255) cTAAGTTAATTTTTTGATTAAAAA‑AATTTTAAACAAATTAATTTGTT‑TTTGGTTTTTTTTTTT‑ATTATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATATTATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAg < 1:36064/128‑1 (MQ=255) cTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATA‑A‑TTTGATAACTTTAAAAAATTGttttaaaattact > 1:1049970/1‑119 (MQ=255) taaGTTTATTAATAAAAA‑AATATTAAAAAAAAAAAATTTTT‑TTTGTTTTTTTTTTTT‑AATA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAg < 2:346308/127‑1 (MQ=255) atgTTTATTAATAATAA‑AATATTAAACCAAATAAATTGTT‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATA‑TTTA‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCa < 2:394169/126‑1 (MQ=255) ttttttattaataa‑AATATTAAACAAAATA‑ATTTTGTTTTGGTTTTTTTATTT‑AATATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAg < 2:1092869/120‑1 (MQ=255) ttGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑A‑ATTACATAATAAAAAAAATTTTATTTAaaaaaataataaattta > 1:571760/1‑117 (MQ=255) ttGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TA‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAATA‑A‑TATAAATAATAAAAAAAAATATTTTTAAAAAAATAATTCaaaa > 1:639494/1‑125 (MQ=255) tttattataataataataTTAAACCAAATAAATTGTG‑TTTTGTTTTTTTATTT‑ATTT‑TTTA‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGa < 1:1271561/122‑1 (MQ=255) gatgaATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGAATAATAAAAAAAATTTTTTTTCAAATAATTATTAAgtatta > 1:156479/1‑123 (MQ=255) tttcctatcta‑aaGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTaa < 2:47464/118‑1 (MQ=255) taataa‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATA‑A‑TTTGAATAATATAAAAAATTTTTTTTCAAATAATTATTAATAAATAAAttt > 1:1139462/1‑128 (MQ=255) aataa‑AAGATTAAACCAGATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑T‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTaa > 2:1731427/1‑128 (MQ=255) aataa‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTTAATAATATAAAAAATTTTTTTTAAAATAATTATTAATTAATAAATTTa > 2:297875/1‑128 (MQ=255) aataa‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAATAAAATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCATCATTAAATTaaaaaa > 1:237737/1‑128 (MQ=255) ataa‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCAAACAATAAAAAATTTTTTTTAAAATAAGTATTAAGTATTAAATTTaa > 1:1703767/1‑128 (MQ=255) aataaatttttAAAAAAAATAAATTTTG‑TTTTTTTTTTTTATTTAATTT‑TT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTaa < 1:1585676/119‑1 (MQ=255) a‑aaGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTTTTTTTCAAATAATAATTCAGGATTAAATTTAAAAAAc > 2:1372947/1‑128 (MQ=255) taTTAAAACTAATAAATTTTT‑TTTTTTTTTTTTATTT‑ATTATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCATGAGTAAATTTAAAAAACCa < 2:1952012/127‑1 (MQ=255) gATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAAAAA‑AAAAAAAAAAAAAATATTATA‑A‑TTTTAATAATAAAAAAAATTATTTTAAAAATAATTATAAATTATTAAATTTaaaaaa > 2:202879/1‑128 (MQ=255) aTTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGAATAATATAAAAAATTTTTTTTAAAATAATAATTAATTATTAAATTTAAAAAACaaa > 1:1353779/1‑128 (MQ=255) tttaaaaaaaTACTATGTT‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATA‑TTAA‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCaa < 1:97445/121‑1 (MQ=255) tAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑TCTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGAATAATATAAAAAATTTTTTTTAAAATAATTATTAAGTATTAAATTTaaaaaaaaaaa > 2:1113369/1‑123 (MQ=255) aaaCCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATA‑A‑TTTTCATAAAATAAAAAATTTTTTTTCAAAAAATTAATAATAATTAAAATTAAAAAACCaaaat > 1:1205563/1‑125 (MQ=255) acaaaaTACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAttt < 1:1794310/125‑1 (MQ=255) caaattatttGTG‑TTTGGTTTTTTAATTA‑AATA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTtata < 2:1039655/120‑1 (MQ=255) cAATTAAATTTTG‑TTTGTTTTTTTTATTT‑AATA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTtata < 2:1919870/128‑1 (MQ=255) aaaaTATATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTtat < 1:1671987/127‑1 (MQ=255) ataTACTTTTTG‑TTTGTTTTTTTTATTTAATTT‑TT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTtata < 1:838545/126‑1 (MQ=255) aaataaatTTTT‑TTTTTTTTTTTTATTT‑ACAA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATaa < 2:1778405/128‑1 (MQ=255) aaaTACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAAA‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAATA‑A‑TTTTCATAATAAAAAAAAATTTTTTTAAAAAAATTATTAAGTATTAAATTTaaaaaaaaaaaaataa > 2:269386/1‑118 (MQ=255) aaaTACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGAATACTATAAAAAATTTTTTTTAAAATAAATATTAATTATTAATTTAAAAAAACCAAAAGTtat > 1:1511372/1‑128 (MQ=255) aaaTACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATA‑A‑TTTGAATAATATAAAAAATTTTTTTTCAAAAAATAATTAAGTATTAATTTTAAAAAACAAAAATTtat > 1:1834254/1‑128 (MQ=255) aaaaaaTTTTG‑TTTTGTTTTTTTATTT‑AATA‑TTTA‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTtata < 2:687598/123‑1 (MQ=255) aaTACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATAATATAAAAAATTTTTTTTCAAATAATTATTAAGGAGTAAATTTAAAAAACAAAGAGTTATaaa > 2:162389/1‑128 (MQ=255) aaTACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAATATATA‑ATTTTGAATAAT‑TAAAAAATTTTTTTTAAAAATAATTTTAAAGTATAAATTTTAAAAAACaaatatattaaa > 2:508276/1‑118 (MQ=255) aaaCATTTTG‑TTTGGTTTTTTTTATA‑ACTA‑TTTAAA‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTtata < 2:1562732/126‑1 (MQ=255) aaaTTGTT‑TTTGGTTTTTTTATTT‑AATA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCt < 2:1431304/126‑1 (MQ=255) taTTTTG‑TTTGGTTTTTTTTTTT‑AATA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCtt < 1:388744/127‑1 (MQ=255) tttGTG‑TTTTGTTTTTTTATTT‑ATTA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑ATAAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCtt < 1:788063/127‑1 (MQ=255) attttttttttttttttttATTT‑AATA‑TTTTAA‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTTCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAAt < 1:290991/116‑1 (MQ=255) ttGTG‑TTTGTTTTTTTTTTTT‑ATAATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAAGTGTATTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTg < 2:1814405/128‑1 (MQ=255) tgtg‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAAA‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAATAAA‑A‑TTTGCATAAAAAAAAAAATTTTTTTTAAAAAAATTATTAAGGAGTAAATTTAAAAAACCAATATTTATTAAACtt > 1:1305492/1‑128 (MQ=255) tttttttttttttttATTT‑TAAA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGtt < 2:1132180/120‑1 (MQ=255) ttttttGTTTTTTTTATTT‑AATA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGtttt < 2:766438/125‑1 (MQ=255) tg‑tTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAAA‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATA‑A‑TTTGAATAATAAAAAAAATTTTTTTTAAAAAAATTATAAATAATTAAATTAAAAAAAAAAAAATTTATAAAtaatgt > 2:899747/1‑123 (MQ=255) g‑tTTGG‑TTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAAA‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAATA‑A‑TTTGAATAAAATAAAAAATTTTTTTTCAAATAAGAATTCAGGATTAAATTTAAAAAACAAAGAGTAATaaaaattgttt > 1:1871890/1‑120 (MQ=255) ttttGTTTTTTTTATTT‑AATATTT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGttt < 2:369130/127‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTTTATTT‑AATT‑TTTA‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGttt < 2:1066533/128‑1 (MQ=255) tttGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTTTTTTTCAAATAATTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACAAATAGTTATAAATATTGGtttttt > 2:1656153/1‑128 (MQ=255) tttgTTTTTTTATTT‑ATTT‑TTTA‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGtttt < 1:1449386/125‑1 (MQ=255) ttGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAATA‑A‑TTTTAAAAAAATAAAAAATTTTTTTTAAAAAAATTAATAATTATTAAATTTAAAAAAACAAAATTTATAAAtaatttttttt > 1:599720/1‑118 (MQ=255) ttttttttATTT‑AATATTT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑ATTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGt < 2:70173/127‑1 (MQ=255) ttttttttttA‑ATTT‑TT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGttt < 1:427110/128‑1 (MQ=255) ttttttATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAAAAA‑AAAAAAAAAAAAAATAAAATA‑A‑TTTGCAAAATATAAAAATTTTTTTTTAAAAAAATTTTTATTTATTAATTTTAAAAAACAAATAGTTATTAAAGTTGTTTTTTTg > 1:1965051/1‑128 (MQ=255) ttttttATAA‑AATT‑TT‑‑‑A‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTta < 1:1079729/128‑1 (MQ=255) ttttATTT‑ACTA‑TT‑‑‑GAAA‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGAATAATATAAAAAATTGTTTTTAAAATAATTATAAATTATTAAATTTAAAAAAACAATATTTATAAATAtttttttttttttt > 2:794913/1‑128 (MQ=255) ttttATTT‑ACAA‑TT‑‑‑GA‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTtat < 2:937716/128‑1 (MQ=255) tttattt‑aCTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACAATAAAAAATTGTTTTACAAAAAATTATTAATAATTAAATTAAAAAAAACAAAATTTATAAATATTGGTTTTTTGTTtat > 1:1607133/1‑128 (MQ=255) attt‑aCTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAATAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTAtattat < 2:1237786/128‑1 (MQ=255) tt‑aCTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATAATATAAAAAATTTTTTTTAAAATAATTATTAATGAGTAAATTTAAAAAACAAAATGTTTAAAATATTGGTTTTTTTTTTAtatttttat > 2:605729/1‑128 (MQ=255) t‑aCTA‑TT‑‑‑GAA‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAATA‑A‑TTTTCATAATATAAAAAATTTTTTTTAAAATAATTATTAAGGATTAAATTTAAAAAACCAAAAGTTATAAATATTGTTTTTTTTTTTAtattatt > 1:1947307/1‑128 (MQ=255) taatA‑TT‑‑‑T‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTAtattattat < 1:208466/125‑1 (MQ=255) | CTTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAA‑AAGATTAAACCAAATACATTGTG‑TTTGGTTTTTTTATTT‑ACTA‑TT‑‑‑G‑‑‑‑A‑AAAAAAAAAAAAAATAATATA‑A‑TTTGCATACTATAAAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34818‑35072 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |