Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG57.4% 1851.8 / inf 1653intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (131/552);  new base G (682/237);  total (859/794)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1976 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468
                                                                                                                               |                                                                                                                                       
    taataaAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                     <  2:5323551/128‑1 (MQ=255)
      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                                   <  2:2993464/128‑1 (MQ=255)
      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                                   <  2:3710962/128‑1 (MQ=255)
      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                                   <  1:5909287/128‑1 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTATTATATGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATAAAAATTAGATAAGTATTAATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTATTATAAttaatttaa                                                                                                                                  >  2:6068297/1‑128 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                  >  2:654101/2‑128 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                  >  1:5368417/2‑128 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaat                                                                                                                                 <  2:2218875/128‑1 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaat                                                                                                                                 <  2:4093398/128‑1 (MQ=255)
          aGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGATAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATttaatta                                                                                                                               >  2:5600382/1‑128 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATAAGCTAATTATTTATTATGATAAATTAGTATATTTAACAATATAATATAATAaataaaaataaa                                                                                                                             >  2:4516834/1‑128 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTaaa                                                                                                                             >  1:5821462/1‑128 (MQ=255)
             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaaa                                                                                                                            <  1:214967/128‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATATTAATATAAATTATCTAAATATTTATTATAATTTATTATATTATTAATAAATTTAATATAATAAAATAAATAAAAat                                                                                                                           >  2:4948391/1‑128 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAat                                                                                                                           <  1:1002689/128‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAat                                                                                                                           <  2:5844261/128‑1 (MQ=255)
                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGAATATTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTtaa                                                                                                                   >  2:5661488/1‑128 (MQ=255)
                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGATAATTATTTATTAGTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAat‑atataaa                                                                                                                   >  2:2692965/1‑123 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑aaaaaa                                                                                                          >  1:345583/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATAGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑taaatt                                                                                                          <  1:2729655/128‑3 (MQ=255)
                             aTCACTTATTATATTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑aaaaaaa                                                                                                         <  1:5195790/128‑1 (MQ=255)
                             aTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑aaaaaaa                                                                                                         >  2:2103942/1‑128 (MQ=255)
                               cACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑aaaaaaaaa                                                                                                       >  1:6598480/1‑128 (MQ=255)
                                    attatattatTAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAAATATCTAATTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAA‑ATTTTAaa‑‑aaaaaaaaaa‑aaaa                                                                                                 <  1:2407933/128‑1 (MQ=255)
                                    attatAGTATTTAATAATAAATATTAATGTTAAAATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑aaaaaaaaaa‑aaaa                                                                                                 <  1:6114615/128‑1 (MQ=255)
                                     ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGATAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATATTAAT‑‑aaaaaaaaaa‑aaaaa                                                                                                >  1:452551/1‑128 (MQ=255)
                                       ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATCAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑aaaaaaaaaa‑aaaaaaa                                                                                              >  2:2314834/1‑128 (MQ=255)
                                         aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑aaaaaaaaaa‑aaaaaaaaa                                                                                            >  1:6271962/1‑127 (MQ=255)
                                          tttttaaaTAATAAATATTAATTTTAATTTAAATTAGCTAATTTTTTTTTTTGTTTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAA‑‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACaa                                                                                          <  2:1519619/123‑1 (MQ=255)
                                          ttatttaataatAAAGATAAATGTAAATAAAAATTAGCTAATTTTTTATTAGGATTTTTTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑aaaaaaaaaa‑aaaaaaacaa                                                                                           <  2:4297766/122‑4 (MQ=255)
                                            atttaaaaattaATATTAATTTTAATTAAAATTATCTAATTTTTTTTTTTGTTTTATTTTTTTTTTTATACTTTTAATTTAATTTAATTTATTTAAAT‑ATTTTAAA‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAg                                                                                         <  2:624237/121‑1 (MQ=255)
                                            aTGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑Aaaaaaaaaa‑aaaaaaaaaaaa                                                                                         >  2:331184/1‑127 (MQ=255)
                                              gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑Aaaaaaaaaa‑aaaaaaaaaaaaaa                                                                                       >  1:2299857/1‑125 (MQ=255)
                                               atataataAATTTTATTTTTAATATAAATTTTTTAAGTTTTTTTTTTGTTTTTTTAGTTTTTTTATTCTTTTTATATAATTAATTTAATTAAAAT‑TTTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCt                                                                                     <  2:5894210/126‑1 (MQ=255)
                                                aataatAAATTTTAAATTTAATATAAATTATTTAATTATTTTTTAGGTTTGTTTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCt                                                                                     <  2:6156962/128‑1 (MQ=255)
                                                  taataaATATTAATTTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTaa                                                                                   <  1:5536109/128‑1 (MQ=255)
                                                   ttttatttttAATTTTAATATTAATTTGATAATTTTTTATTTTTTTTGTTAATTTTTTTTAACATTTTAATATAATGAATTTAAATAAAAT‑ATTTAATA‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAat                                                                                  <  2:2847705/120‑1 (MQ=255)
                                                   aattaATATTAATGTTAAAAAAAATTAGAAAATTATTTATTAGTATTTATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTAAAA‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAat                                                                                  <  1:2546696/128‑1 (MQ=255)
                                                      aaattttAATTTTAATATAAATTATCTTATTATTTTTTATTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTg                                                                             <  1:3038213/123‑1 (MQ=255)
                                                      aaaTATTAATTTTAATATTAATTATCTAATTATTTTTTATGATTTTTTTTTTTTTTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAATAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAata                                                                                 <  1:5316633/128‑1 (MQ=255)
                                                      aaaGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑Aaaaaaaaaa‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaattt                                                                               >  2:5109418/1‑117 (MQ=255)
                                                         taTTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGtt                                                                           <  2:5449516/127‑1 (MQ=255)
                                                          attattGTTATTTTAAATTAGATAAGTATTTATTAGTATTGATTTGTTTATTTATCCTTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAA‑‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTaa                                                                         <  1:3596893/128‑1 (MQ=255)
                                                           ttAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAAAACAAAAAA‑TTTTTaa                                                                         >  1:5989257/1‑128 (MQ=255)
                                                            tAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAAAACATAATA‑TTTTTaaa                                                                        >  2:868805/1‑128 (MQ=255)
                                                             aaTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAAGAAAAAATA‑ttttaacaa                                                                       >  2:6685324/1‑121 (MQ=255)
                                                               tGTTAAATTAAATTATCTTAGTTTTTATTTTGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATTATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAA‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAAc                                                                     <  2:257735/128‑1 (MQ=255)
                                                                tacgatatAAATTTTTTTATTATTTATTTGTATTGTTTATTTTTTTTATACATTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAA‑TTTTTAAA‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACa                                                                    <  1:3773107/124‑1 (MQ=255)
                                                                  tAATATAAATTAGATAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCATTTTAATAAAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACaat                                                                  <  1:4929998/128‑1 (MQ=255)
                                                                  tAATATAAATTACCTAATTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTAAACTTTAAATAAAATGAATTTAATTAAAAA‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACaat                                                                  <  1:2031311/128‑1 (MQ=255)
                                                                   aaTATAAATTAGCTAAGTA‑TTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAATAAAAAAAAAAACCCCAAATA‑TTGTaaaaaatattt                                                                 >  2:6311456/1‑123 (MQ=255)
                                                                    atatAAATTACCAAAGTAATTAATAGGATTGTATAGTTTATTTATCCTTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAA‑ATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACaattaa                                                               <  2:1062458/128‑1 (MQ=255)
                                                                      ataAATTAGATTATTAATTATTAGTATTGATATTTTTATTAATCATTTAAATATAATGAATTTAATAAAAAT‑TTTATAAT‑‑‑AAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACaattaatt                                                             <  1:1885929/128‑1 (MQ=255)
                                                                        taaTTAGCAAAGTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAattaatta                                                            <  1:4088744/127‑1 (MQ=255)
                                                                        aaaTTATCTAATTTTATATTATCTTTGATTTGTTTATTTATACTTTTTATATATTTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAA‑‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAttaattaa                                                           <  2:312020/128‑1 (MQ=255)
                                                                         aattattaatttatttattATGTTTTAATATTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAA‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAAttaattaa                                                           <  2:1208120/117‑1 (MQ=255)
                                                                           tattcTAATTATTTATTAGTTTTTATTTTTTTATTTATTATTTTAATATAATTAATTTAATTAAATT‑ATTTTTAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAATTAATTAAGt                                                         <  1:6663352/124‑1 (MQ=255)
                                                                              tcTAATTATTTATTATGATTTATTATTTTATTTTAACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAATTAATCAAGA‑Ctt                                                     <  1:1206684/127‑1 (MQ=255)
                                                                              gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AATAAAAAATA‑TTTTTAAAAAAAAataataaattattt                                                     >  2:3431216/1‑122 (MQ=255)
                                                                              gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AAGAACTAATATTTATAAAAAAAaattaataatagtag                                                      >  2:706062/1‑120 (MQ=255)
                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AAAAAAAAATA‑TTTTTAAAAAAAAtaaataaaaaatata                                                    >  1:6199689/1‑121 (MQ=255)
                                                                                 aattttttattATGATTGTTTATTTTATTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGAtt                                                 <  1:5461648/123‑1 (MQ=255)
                                                                                 aattatttattATGATTTATTATTTTAATAATACTTTTAATATAATTAATTTAAATAAAATAATTTAAAA‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGa                                                   <  1:1732232/125‑1 (MQ=255)
                                                                                  aGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAAACAAAATA‑TATTTAAAAAAAAataataaaataatttata                                                 >  2:3814969/1‑118 (MQ=255)
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                                                                                                                               taatttatttAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAATTTATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGc    <  2:3956871/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               |                                                                                                                                       
TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAACAAGACCTAATA‑TTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑