| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 516,354 | A→T | intergenic (+185/+321) | JCVSYN2_02375 → / ← JCVSYN2_02380 | antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 516,354 | 0 | A | T | 99.8% | 8722.3 / NA | 2970 | intergenic (+185/+321) | JCVSYN2_02375/JCVSYN2_02380 | antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/5); new base T (1347/1616); total (1349/1621) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2973 total aligned reads displayed.
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AATTAAATAAAAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAAAAGAAAAATATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAATTTA > CP016816/516227‑516477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |