| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 165,222 | G→A | intergenic (+186/‑356) | JCVSYN2_00665 → / → JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 165,222 | 0 | G | A | 99.0% | 6386.1 / 37.7 | 2092 | intergenic (+186/‑356) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (1281/777); minor base . (4/17); total (1289/803) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2142 total aligned reads displayed.
CTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTG‑TATATGCAAA‑TTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATA > CP016816/165097‑165350 | cTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTG‑TATATGCAAA‑TTTTTaaaaaa > 2:1419152/1‑128 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTG‑TATATGCAAA‑TTTTTAAAAaat < 2:3791183/128‑1 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTG‑TATATGCAAA‑TTTTTAAAAaat < 2:100170/128‑1 (MQ=255) tGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTG‑TATATGCAAA‑TTTTTAAAAAATTAAttt < 2:5500674/128‑1 (MQ=255) 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CTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTG‑TATATGCAAA‑TTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTAATA > CP016816/165097‑165350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |