BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	CP016816	420,163	2 bp→TT	intergenic (‑446/+396)	JCVSYN2_01895 ← / ← JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP016816	420,163	0	A	T	99.5%	6203.2 / NA	1967	intergenic (‑446/+397)	JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/5); new base T (1055/901); total (1059/908)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
*	CP016816	420,164	0	A	T	98.5%	5548.0 / NA	1950	intergenic (‑447/+396)	JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900	30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/25); new base T (1049/871); total (1054/896)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-05
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1969 total aligned reads displayed.

CATTCATACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTATGCT‑C‑G‑‑TTTTTT‑TT‑TTTT‑TTTTT‑ACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGTATATT  >  CP016816/420041‑420285

||

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                                                                                                               aaTTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTATGCT‑C‑GT‑TTTTTT‑TT‑TTTT‑TTTTT‑AAAAAAATATAATTTTTTTTATTAAAc         >  2:4756451/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                               aaTTTTTAATTTTAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTATGCT‑C‑G‑‑TTTTTT‑TT‑TTTT‑TTTTTAAAAAAAATAAATATTATTTTATTAAAc         >  2:595063/1‑128 (MQ=255)

||

CATTCATACTTTTAGTCTCATAAATCTAAGTTTCTAAAATTATTTTATCATTTAAAAAAATAATACTTTTATTAGTTGATATATTAGAAAACTACTAGCACTTTTTTAAAAAATTTAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCAATTTTATGCT‑C‑G‑‑TTTTTT‑TT‑TTTT‑TTTTT‑ACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGTATATT  >  CP016816/420041‑420285

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 15 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`