Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3620A.41.7% 1200.7 / inf 1052intergenic (+857/+69)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (339/271);  new base . (120/316);  total (459/593)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.40e-20
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.11e-26

Only 100 of 1273 total aligned reads displayed.

TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCAT  >  CP016816/105235‑105489
                                                                                                                                  |                                                                                                                                
  tAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑aaa                                                                                                                                >  2:1131841/1‑128 (MQ=255)
  tAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATATAATT‑AAAATATTTTAAT‑aaa                                                                                                                                >  2:456146/1‑128 (MQ=255)
     aaTCACTTTTTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATAATATATTATTTA‑ATTTATCCTTTAAAAATAAATAATTTAATT‑AAAATATTAAAAT‑aaaaaa                                                                                                                             >  2:150645/1‑128 (MQ=255)
     aaTAACTTATTATAGTATTAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAaa‑aaaaaa                                                                                                                             <  2:3465218/128‑1 (MQ=255)
         aatttatataTTATGAAATAATAAATTTTTATGTTAATATAAATTATTTAATTATTTATTATGATTGATTATTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaa                                                                                                                         <  1:989540/122‑1 (MQ=255)
             ttttttttATTAAATAATAAATATTAATTTTAAATTAAATTATTTAATTTTTTTTTATGATTTTTTATTTT‑TTTTTTACTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                     <  2:2006152/121‑1 (MQ=255)
              ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTAATATAAATAATTTT‑ATATATAAAATTAATATAATAAATTAAATA‑AAAAAATAATAAT‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                    >  2:2877033/1‑128 (MQ=255)
              ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                    >  1:812627/1‑128 (MQ=255)
               tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATAAATTTAATA‑AAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                   >  2:1837471/1‑128 (MQ=255)
                   ttATTAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAATTATTTAAGTTTTTTTTAGTATTTATTAGTTT‑TTTTATCCTTTTAAAATAATTAATTAAATT‑AAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                                               <  1:2603523/127‑4 (MQ=255)
                    ttttaaaTAATAAATATTAATGTTAATAAAAATTATCTAATTATTTATTATGTTTTTTTATTTT‑ATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAAAATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                                              <  2:1311358/124‑1 (MQ=255)
                    tATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                                              >  2:3043053/1‑128 (MQ=255)
                       gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaa                                                                                                           >  2:859665/1‑122 (MQ=255)
                       gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                           >  2:313648/1‑125 (MQ=255)
                        taattatAAATATTAATGGTAAAATAAAATTGCTTATTATTTATTATGTTTTTTTATTTT‑TATTATCCTTTTAATTTAATTAATTTAATT‑TAAAATTTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCt                                                                                                         <  2:3428931/127‑1 (MQ=255)
                        aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                          >  2:63466/1‑124 (MQ=255)
                          ataaaataatttAATGTTAATAAAAATAAGTTAATTATTTATTTGTATTGTTTATTTT‑ATTAATACTTTAAAATAAATTAATTAAATT‑AAAATTTTTTA‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAat                                                                                                      <  2:3183180/118‑1 (MQ=255)
                           taataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaaaaaaaaa                                                                                                       >  2:3245180/1‑121 (MQ=255)
                           taataaAGATTAATGTTAAAATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                       >  2:1031820/1‑121 (MQ=255)
                                  gATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAATACATAATATTTTTa                                                                                               >  2:3376550/1‑128 (MQ=255)
                                   tttAATTTTAATATAAATTATCAAATTATTTATTATGTTTTATTTTTTT‑ATTTTTCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTaa                                                                                              <  1:2525084/127‑1 (MQ=255)
                                   aataaatttAAAAAAAATTATCAAAGATATTATTATTTTTTATTACTTT‑TTTTAAACTTTTAAAATAATTAATTTAATT‑AAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTaa                                                                                              <  2:1569583/121‑1 (MQ=255)
                                       ttacgatcttaAATTATCTTATTTTTTATTTTGTTTTATTTTTTT‑TTTTATTCTTTTAAAATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAAc                                                                                          <  2:3766931/119‑1 (MQ=255)
                                          ttAATATAAATTATCTAATTATTTATTATGATTGATTATTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaa                                                                                        <  1:1445841/128‑1 (MQ=255)
                                             aaataAATTTTCTAAGTATTTATTTGGTTTTTTTACTTT‑AATTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAAAATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaa                                                                                    <  2:2252732/126‑1 (MQ=255)
                                               ataAATTATCTAAGTATTTTTTATGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAattaatta                                                                                 <  1:3860777/128‑1 (MQ=255)
                                                aaaatttcgtAAGTATTTTTTATGTTTTATTATTTT‑TTTTATACTTTTAATATAATTTATTTAATT‑AAAATATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAattaatta                                                                                 <  2:2312615/119‑1 (MQ=255)
                                                 aaaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAATATTTTAAAAAAAAAttaataaaa                                                                               >  2:747137/1‑127 (MQ=255)
                                                 aaaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACATAATATTTTTAAAAAAAAttaattaa                                                                                >  1:345957/1‑128 (MQ=255)
                                                  aaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGt                                                                              <  2:1426360/128‑1 (MQ=255)
                                                  aaTTAGATAATTATTTTATTTTATTGATTAATTT‑ATTTATACTTTTAAAATAATTAAATTAATTAAAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAAttaattaa                                                                                <  1:2652472/128‑1 (MQ=255)
                                                     tatatAATTATTTATTATTTTTTATTATTTT‑ATTTATAATTTTAAAATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑Ct                                                                           <  1:3200016/124‑1 (MQ=255)
                                                       tcaaattatttattTTGATTGATTTTTTT‑ATTTAAACTTTTAATAAAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTg                                                                         <  2:945750/122‑1 (MQ=255)
                                                       tcTAAGTTTTTATTATGTTTTATTATTTT‑ATTTATCCTTTTAATAAAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTg                                                                         <  1:3766320/127‑1 (MQ=255)
                                                       gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAAATATTTTTAAAAAAAAtaaataaataatta                                                                          >  2:3879599/1‑122 (MQ=255)
                                                          atttatttattATGATTGATTTTTTT‑TTTTTATCTTTTAATATAATTATATTAATT‑AAAATTTTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGa                                                                        <  1:1785186/125‑1 (MQ=255)
                                                          aattatttattTGGATTTATTATTTT‑ATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGAtt                                                                      <  1:3679403/125‑1 (MQ=255)
                                                           aGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AA‑ACCTAATATTTTTAAAAAAAAttaattaataattaatttt                                                                     >  2:3660207/1‑117 (MQ=255)
                                                           aGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGAACAAATATTTTTAAAAACAATTAATTAATT‑Ctttattta                                                                    >  2:3980967/1‑128 (MQ=255)
                                                            ttattttttAGGAATTATTAGTTA‑ATTTATCCTTTTAAAATAATTAAATTAAAT‑AAAAAATTTTA‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATttat                                                                   <  1:3906883/127‑1 (MQ=255)
                                                            ttatttattAGTATTTATTATTTT‑ATTTATCCTTTTAAAAAAATTAATTTATTT‑AAAATATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATtta                                                                    <  1:627352/127‑1 (MQ=255)
                                                            gTATTTAATATGATTTTTTATTTT‑AATTATAAATTTAAAATAATTAATTTAATT‑AAAAAATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATtta                                                                    <  1:3998782/128‑1 (MQ=255)
                                                             tttttattATGATTGATTATTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATttat                                                                   <  1:2347334/126‑1 (MQ=255)
                                                              ttttattAGTATTTATATTTTT‑ATTTATACTTTTAAAATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATttatta                                                                 <  1:336110/127‑1 (MQ=255)
                                                              atttattATTTTTGATTAGTTT‑ATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATttatt                                                                  <  1:1333873/128‑1 (MQ=255)
                                                               tttatttttatttattATTTT‑AATTATAATTTTAATATAATTTAATTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATttatta                                                                 <  1:699157/119‑1 (MQ=255)
                                                                ttatttTGATTGAATATTTT‑ATTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAAAATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTaa                                                                <  1:884799/128‑1 (MQ=255)
                                                                ttattaGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAAATATTTTAAAAAAAAAAAAATTAAAT‑ATTTATTTATaaa                                                                >  2:2412409/1‑128 (MQ=255)
                                                                ttattaGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAAATATTGTTAAAAAAAATTAATAAATT‑ATTTATTTATaaa                                                                >  1:3557300/1‑128 (MQ=255)
                                                                    tattatttcttATTTT‑AATTATCAATTTAAAATAATTTATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAata                                                             <  1:1731202/119‑1 (MQ=255)
                                                                       gattgattAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAGACCTAATATTTTTAAAAAAAATTAATTAATT‑ATAAATTTATTAAAtattat                                                         >  2:3288031/1‑128 (MQ=255)
                                                                       gattgattAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAATACTAAATATTTTTAAAAAAAATTAATAAATT‑ATATATTTTTTAAAtattat                                                         >  2:1735286/1‑128 (MQ=255)
                                                                        attgattAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AATAAATAATATTTTTAAAAAAAATTAATAAATA‑ATTTATATATTAAATattatt                                                        >  1:1228588/1‑128 (MQ=255)
                                                                         ttgattATTTT‑ATTTATAAATTTAAAAAAATTAATTTAATT‑AAAAAATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTAttt                                                       <  1:2821115/128‑1 (MQ=255)
                                                                         ttgattAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAA‑‑TAATATTTTTAAAAAAAATTAATTAATT‑ATTTATTTTTTAAATATTAttttt                                                     >  1:3626093/1‑128 (MQ=255)
                                                                           gattAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAATATTTTAAAAAAAAATTAATAAAGT‑ATTTATATATTAAATATTAttttt                                                     >  2:3338331/1‑128 (MQ=255)
                                                                           gattAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTTTTAAAAACAATTAATTAATT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTaa                                                  >  1:3076636/1‑128 (MQ=255)
                                                                            attTGTTTAATTTAACTTTTTATTA‑AAATAATTTAATT‑AAAAAATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTAtttttt                                                    <  2:2745184/128‑1 (MQ=255)
                                                                             ttttttt‑atttaTATTTTTAATAAAATTAATTTAATT‑AAAATTATTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTa                                                   <  2:2077544/124‑1 (MQ=255)
                                                                             ttATTTT‑TTTTATAATTTTAATATATTTATTTTAATT‑AAAATAATTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTaa                                                  <  1:1606758/128‑1 (MQ=255)
                                                                             ttAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCAAATTATTTTAAAAACAATTAATTAAGT‑ATTGATTTATTAAATTTTATTTTTTa                                                   >  2:2145501/1‑128 (MQ=255)
                                                                               ttttt‑atttaTCATTTTAATATAATTAAATTAAAT‑AAAATATTTTAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAc                                                 <  1:2757126/126‑1 (MQ=255)
                                                                                gTTA‑ATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACaa                                               <  1:1006804/128‑1 (MQ=255)
                                                                                     aattttaattttAATATAATTTATTTAATT‑AAAAATATTTAAA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAt                                             <  2:1885951/120‑1 (MQ=255)
                                                                                      tttatCATTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATATTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAttt                                           <  1:4039059/128‑1 (MQ=255)
                                                                                      tttatACTTTTAATATAATTAATTTATTT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATAATATTTTTTAACAAAtt                                            <  1:2133444/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                           atttaatt‑AAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACATAATATTTTTAAAAAAAATTAATTAATT‑ATTTATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACATTGAGCTAAATTAGCtttt                     >  1:3715943/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                           atttaatt‑AAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACAAAATATTTTTAAAAACAAATAATTAATT‑CTTGATTTATTAAATATTTTTTTTTAAAAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGtta                     >  2:3719819/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                             ttaatt‑aaAATATTTTAAT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTtcct                  <  1:2236454/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                             ttaatt‑aaAAAATTTTA‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTtcc                   <  2:4019892/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                att‑aaAATATTTTTAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTtcctc                 <  1:1898077/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    aaaaTATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAGACCAAAAATTTTTAAAAAAAAATAATTAAGT‑ATTTATTTTTTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACATTTAGAAAAAATAGAATTtcaaccccc             >  2:3547777/1‑121 (MQ=255)
                                                                                                                      aaTATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AATACATAATTTTTTTAAAAAAAATTAATTAATT‑ATTTATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACATTTATATAAATTAGATTTtcataaaaat            >  1:2407782/1‑120 (MQ=255)
                                                                                                                      aaTATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACCAAAAATTTTTAAAAACAATTAATTAAAT‑ATTTATTTAATAAAATTTATTTTTTAACAAATTTAACTTTAACTAAATTATCGTTtccacccaaa            >  2:2599850/1‑124 (MQ=255)
                                                                                                                         atTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTa         <  2:514375/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           tttAAA‑TAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAg        <  1:1063766/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            tatataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAg        <  1:1140032/122‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGAACTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCa   <  1:3402969/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  aaaaaaaaaaaaaaaaaaCAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCAt  <  1:1972350/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  |                                                                                                                                
TGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTT‑ATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATT‑AAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGT‑CTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCAT  >  CP016816/105235‑105489

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑