Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP016816 516,356 G→A intergenic (+187/+319) JCVSYN2_02375 → / ← JCVSYN2_02380 antitermination protein NusG/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816516,3560GA99.7% 6057.6 / NA 1871intergenic (+187/+319)JCVSYN2_02375/JCVSYN2_02380antitermination protein NusG/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  major base A (859/1004);  minor base T (3/2);  total (863/1008)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1966 total aligned reads displayed.

AATAAAAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAAAAGAAAAATATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAATTTA  >  CP016816/516232‑516477
                                                                                                                            |                                                                                                                         
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aataaaAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAATATTTTAATAaaaa                                                                                                                        >  1:615451/1‑128 (MQ=255)
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                           aaaTATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATaaaa                                                                                             <  2:164086/128‑1 (MQ=255)
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                                    tttATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATg                                                                                    >  1:474366/1‑128 (MQ=255)
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                                          aGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataata                                                                              <  1:3346336/128‑1 (MQ=255)
                                           gATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGTCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAatat                                                                             <  1:2144547/128‑1 (MQ=255)
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                                               aGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCt                                                                         <  2:2237306/128‑1 (MQ=255)
                                                gAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATATTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAAAATTTTAGTATTTGCTATTATAAAAAATTTTATGATAATATAACTa                                                                        >  1:16361/1‑128 (MQ=255)
                                                 aaaaaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTAt                                                                       <  2:3984188/128‑1 (MQ=255)
                                                 aaaaaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTAt                                                                       >  2:1258883/1‑128 (MQ=255)
                                                       aGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAatat                                                                 >  1:1842468/1‑128 (MQ=255)
                                                        gCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAAtata                                                                <  1:4033078/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                 aaaTTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTaaa       <  1:1434232/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     tttAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAattt   >  1:1001431/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                            |                                                                                                                         
AATAAAAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAAAAGAAAAATATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAATTTA  >  CP016816/516232‑516477

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: