| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_021214 | = 2975 | 274 (1.220) | 3 (0.020) | 3/394 | 15.3 | 1.2% | noncoding (2564/2694 nt) | CRISPR | repeat region |
| ? | NC_021214 | = 1428166 | 244 (1.250) | intergenic (+114/+78) | TMARI_RS07195/TMARI_RS07200 | ATPase AAA/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GGGGAACTCAGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAAATTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGTATGGAAACAGTTGGACGACGATCTTGTATTCATAAATGTTGTTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAGACATTCTTTCGCTAAGAAAATCTAATAGTTTGTTTCAATACTTCCTTAGATGTACGAAAAAAAATAACCCCCACATGAGTGGGGGGATGTTTTTGTTATAGACTCTCAGATCAAAAGATCACGTAAGTTCCCTTCTTTTTCACAAACTCTACAAATCTTCTGTAAGT > NC_021214/2737‑3211 | ggAACTCAGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAAATTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGTATGGCAACAg > 2:686692/1‑239 (MQ=255) aaCTCAGTTGCAATATTTCCTTAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAAATTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGTATGGAAACAGt < 1:570480/238‑1 (MQ=255) cTCAGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAAAGTGAACAAATTCTCTAAGTTTCAATAATTCCTAAGAGGAAGGGAAACAGTTgt > 2:727186/1‑238 (MQ=255) tttCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAATTTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGAATGGAAACAGTTGgacgac > 2:542821/1‑239 (MQ=255) ttCAATAGGTCCTTAGAGGTATGGAAACAACATACATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGATGACAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTATAGGTATGGAAACTAAAGCATAAGCTCCAAAATGTGAACAAATGCTCTCAGGTTAAATAATTCCTTAGCGGTATGGAAAAATGTGgacctta > 1:839231/1‑235 (MQ=255) aTAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAAATTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGTATGGAAACAGTTGGACGACGATCt > 2:669665/1‑239 (MQ=255) tCCTTAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAAACTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGTATGGAAACAGTTGGACGACGATCTTgatt > 2:289968/1‑236 (MQ=255) tAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAAATTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGTATGGAAACAGTTGGACGACGATCTTGTATTCAt > 2:511433/1‑239 (MQ=255) tAGAGGTATGGAAACACCATTCATCCAGTACATCCGCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CTATTGTTTCGTGTTGTCAAACTCCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAAATTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGTATGGAAACAGTTGGACGACGATCTTGTATTCAt < 2:250475/239‑1 (MQ=255) gagGTATGGAAACACCATTCATCCATTACAACCTCTTTGCCTCTAATTTGTTTCAATAGTTCCTTAGAGGTATGGAAACTGATGTCTTC‑CCATTGTTTCGTGTTGTCAAACACCTGTTTCAATACTTCCTTAGAGGTATGGAAACTAAAGCATACGCTCCAAAACGTGAACAAATTCTCTCAGTTTCAATAATTCCTTAGAGGTATGGAAACAGTTGGACGACGATCTTGTATTCATaa > 1:296886/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |