Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_021214 | 32,473 | Δ1,603 bp | TMARI_RS00145 | TMARI_RS00145 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_021214 | 32473 | 34075 | 1603 | 220 [2] | [4] 223 | TMARI_RS00145 | TMARI_RS00145 |
New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | NC_021214 | = 32472 | 2 (0.010) | 218 (0.970) | 117/454 | 0.4 | 98.6% | intergenic (‑3/‑356) | TMARI_RS00140/TMARI_RS00145 | ROK family transcriptional regulator/phospholipase |
? | NC_021214 | 34076 = | 4 (0.020) | intergenic (+61/‑27) | TMARI_RS00145/TMARI_RS00150 | phospholipase/4Fe‑4S ferredoxin |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
AATTCGCGTGTTCTTGTGAAAAAATTGGCGGAGATTGGTGGGAAGGTCAGATATACCGAGTACGAGAAAGGTTTCATGGAGAAACACGGGTGGGATCCACACGGATCGTGGATACCTACCTACGAGAATCAAGAAGCCATAGAGTGGCTGTTTGAACAAAGTAGATAGTTGTGGTAGAATTTAAGTGAAAAATCATACACCTCAAGAGAGCCCTGCTGGGCTCTCTTTTTAATTCTCAAAAAAGGAGGGATTCACATGCCAGCGAAGGTTTATTTCACAGACATGACAACCAACCCAAACATGAACATGCTTCAAAAGTTAGAACTTCTTTTGAAGAAAGTGGAACTGGAGAAAATCATCGAAAAAGACAAGTTCGTGGCTGTAAAACTCCATTTCGGTGAATACGGAAACCTCGCATTCATAAGACCCCAGTACGTGAAAATCATTGTGGACCAGATCAAGAAACT > NC_021214/33848‑34314 | tgccccctaagttgccgcttttccgcggcgaccagtcgctttccccttttcttctaccaacccctcattcaccagttcttcaatgattctccatattgcactctgggcgagtcctgtttttctggcgatttccaccctgctgtgcggtccgctctctatcagatacctaaggaccatctttttgttttctcttttcatggattttggattcagctttttatgcactccTTAATTCTCaa < 2:884086‑M2/11‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |