Predicted mutation
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RA	NC_021214	448,951	T→C	R536R (AGA→AGG)	TMARI_RS02175 ←	methyl‑accepting chemotaxis protein 1

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_021214	448,951	0	T	C	95.5%	47.7 / ‑2.5	44	R536R (AGA→AGG)	TMARI_RS02175	methyl‑accepting chemotaxis protein 1
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (2/0);  new base C (18/24);  total (20/24)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TTCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGT  >  NC_021214/448717‑449011                                                                                                                                                                                                                                           |                                                             ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTTTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa                                                          >  1:705865/1‑239 (MQ=14) 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                                                       tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg   <  1:205754/239‑1 (MQ=14)                                                        tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCACCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTTTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg   <  1:656352/239‑1 (MQ=9)                                                         ccgccgccgCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAACCTGCTCAGCATCTTCGCTCTGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGt  >  2:872925/1‑239 (MQ=12)                                                                 gcACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa                                                        <  1:925361/177‑3 (MQ=11)                                                                 gcACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa                                                        >  2:925361/1‑175 (MQ=11)                                                                                                                                                                                                                                           |                                                             TTCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGT  >  NC_021214/448717‑449011

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑