Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_021214 | 1,869,434 | 0 | T | C | 26.4% | 317.9 / 17.7 | 150 | intergenic (+46/‑65) | TMARI_RS09635/TMARI_RS09660 | bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/67); new base C (38/1); total (82/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
AAAGTACAAAGTGGTCACAAACAACTACATGGCAGGTGGTGGAGACGGTTATGTCATGTTCAAAGAGTGGGACGGATACGACACGGGATACCTCATGTCAGACGCCGTCATTGAGTACATCCAGAATGTTCTGAACGGGAAAATAGAAGAGTACGACGATTCGCAGAGGTACGTGAGAGAGTAACTGGAACAGTTCGAAGAGTTCAGGTTGAGGC‑GGGGCAATCCCG‑CCTC‑TT‑TGGTTTTTGATATTAAAAATTAACTTGAAAATTATTGATATTTACTAATTAA‑CTTTTATG‑CATACAAACCAGGTT‑AGTTCCAATCATTCACAAAGTGGGTGATGCGTGTATCTGG‑CACTGGAAGAACGATACAGA‑GTATGCAATTACCGGTAAC‑GAAAAATTTCATGCGCCTTTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_021214/1869205‑1869612 | aaaGTACAAAGTGGTCACAAACAACTACATGGCAGGTGGTGGAGACGGTTATGTCATGTTCAAAGAGTGGGACGGATACGACACGGGATACCTCATGTCAGACGCCGTCATTGAGTACATCCAGAATGTTCTGAACGGGAAAATAGAAGAGTACGACGATTCGCAGAGGTACGTGAGAGAGTAACTGGAACAGTTCGAAGAGTTCAGGTTGAGGC‑GGGGGAAACCCG‑CCCC‑TT‑TGGtttt > 2:352239/1‑240 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |