Predicted mutation
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RA	NC_021214	448,951	T→C	R536R (AGA→AGG)	TMARI_RS02175 ←	methyl‑accepting chemotaxis protein 1

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_021214	448,951	0	T	C	100.0%	29.0 / NA	22	R536R (AGA→AGG)	TMARI_RS02175	methyl‑accepting chemotaxis protein 1
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (13/9);  total (13/9)

TTTCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGT  >  NC_021214/448716‑449011                                                                                                                                                                                                                                            |                                                             tttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa                                                          >  2:197808/1‑240 (MQ=14) tttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa                                                          >  2:1077948/1‑240 (MQ=14) tttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa                                                          >  1:813887/1‑240 (MQ=14)   tCCACCACTCCTTCGTCTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCCCCCTGCTCCTGCGCAGAGGCAGCTGTTTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCACGGATCTCTCTGAATATCTTTGCGACTTCTTCTCCCATCACCACTATCTCCCCCACTCCTTCGCACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGCTCTATCGCTGTcctctc                                                         >  1:112447/1‑237 (MQ=11)   tCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCTCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa                                                         >  1:860215/1‑238 (MQ=11)   tCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATTTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGGGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa                                                         >  2:358912/1‑238 (MQ=11)   tCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCat                                                         >  2:1054500/1‑238 (MQ=14) 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  tCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa                                                         >  2:146892/1‑238 (MQ=11)   tCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa                                                         >  2:1029536/1‑238 (MQ=11)   tCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTACCGTTGTCCTCaa                                                         >  1:187721/1‑238 (MQ=11) 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   ccACAACTCCTTCGCCTCTCTTTTTGACTTTGTCCCCCGCCCCCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac                                                       <  1:277919/240‑4 (MQ=1)                                                        ctccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg   <  1:54955/240‑1 (MQ=14)                                                         tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTTTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGt  <  1:506493/240‑1 (MQ=9)                                                         tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGt  <  2:1134214/240‑1 (MQ=14)                                                         tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGt  <  1:159252/240‑1 (MQ=14)                                                         tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGt  <  2:436125/240‑1 (MQ=14)                                                         tccGCCGCCCCACCTTTTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGt  <  1:1029599/240‑1 (MQ=0)                                                                                                                                                                                                                                            |                                                             TTTCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGT  >  NC_021214/448716‑449011

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑