Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_021214 | 1,869,424 | 0 | C | G | 26.1% | 150.0 / 23.6 | 172 | intergenic (+36/‑75) | TMARI_RS09635/TMARI_RS09660 | bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/55); new base G (37/0); total (97/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
GCCGCTCGATCCAGAGAAAAAGTACAAAGTGGTCACAAACAACTACATGGCAGGTGGTGGAGACGGTTATGTCATGTTCAAAGAGTGGGACGGATACGACACGGGATACCTCATGTCAGACGCCGTCATTGA‑GTACATCCAGAATGTTCTGAACGGG‑AAAATAGAAGAGTACGACGATTCGCAGAGGTACGTGAGAGAGTAACTGGAACA‑GTTCGAAGAGTTCAGGTTGAGGC‑GGGGCA‑ATCCCGCCTCTTT‑GGTTTTTGATATTAAAAATTAAC‑TTG‑AAAATTATTGATATTTACTAA‑TTAACTTTTATG‑CATACAAACCAGGTTAGTTCCAATCATTCACAAAGTGGGTGATGCGTGTATCTGGCACT‑GGAAGAACGATACAGAGTATGCAATTA‑CCGGTAACGAAAAATTTCATGCGCCTTTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_021214/1869187‑1869612 | gCCGCTCGATCCAGAGAAAAAGTACAAAGTGGTGACAAACAACGACGTGGCAGTTGGTGGAGACGGTTATGTCATGTTCAAAGAGTGGGACGGATACGACACGGGATACCTCATGTCAGAGGCCGTCATTGA‑GTACATCCAGAATGTTCTGAACGGG‑AAAATAGAAGAGTACGACGATTCGCAGAGGTACGTGAGAGAGTAACTGGAACA‑GTTCGAAGAGTTCAGGTTGAGGC‑GGGGCa < 2:74214/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |