Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_021214 | 1,478,798 | 6 | . | A | 34.2% | 188.8 / inf | 202 | coding (22/1281 nt) | TMARI_RS07485 | HD domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (78/55); new base A (40/29); total (118/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.86e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GAGCGAAGCTCTGAGATAAAGCAACGAAAGGGGGGAAAGCCATGAGAAAGCTCATGAAAATAGTCCTCGTTCTTGGGAGCCTGCTCGGAACACTGATGGCAGTTGTTGGGGGCAACCAGATTTGGTAATTGATATAATCACTATATTGACGATTGGTAATTATGCCCCTGCCCTCGTAGTTCTTAGCCCCCATGATTCTGAAAGGAGTGACAATTCTTGATAAAGAATAAGAATTCAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAGAATTTTCTTAATTTATTCCTTATCCATACTCGCATTCTATTTCTTTCTGATTTTTATGTTCAGCGATTATACGGATGATTGGCATAATCTCGGTTATGTCTTGCTACTTTTTCTCACCAGTGTATTCTTCGATATTGCTAGAACAAAAACTTTTGAGTTTACAGGTGGAAAAGTGGAAACTTCTGCTGTTTTCATTGTGAACATCTTCACAGCAGCTCTTTTGAACCCGTTA > NC_021214/1478561‑1479034 | gAGCGAAGCTCTGAGATAAAGCAACGAAAGGGGGGAAAGCCATGAGAAAGCTCATGAAAATAGTCCTCGTTCTTGGGAGCCTGCTCGGAACACTGATGGCAGTTGTTGGGGGCAACCAGATTTGGTAATTGATATAATCACTATATTGACGATTGGTAATTATGCCCCTGCCCTCGTAGTTCTTAGCCCCCATGATTCTGAAAGGAGTGACAATTCTTGATAAAGAATAAGAATTCag‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑a > 2:102347/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |