| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_021214 | 1,828,119 | A→G | V20A (GTT→GCT) | TMARI_RS09445 ← | ROK family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_021214 | 1,828,119 | 0 | A | G | 99.7% | 1330.2 / NA | 374 | V20A (GTT→GCT) | TMARI_RS09445 | ROK family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (200/172); total (200/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
CCCAATGATGGAATGTGTCACCCCAAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAACTCTCAATTTGTTGATGGTTCTTGCCTGCTTTAGGGAATAAACTTCCATGCTATGCAATTTGCGAACCTCCTTCACTTGCTACTCCAACCCAGCAGCGAGTTTCATAACTTTTTCTTGAGAAGCTTCTTTAGCATCAATGATACCAGCGAGTTTTCCAAAGCTCATCACAGCGATTCTGTCGCTCATTTGAAGAACTTCAGGAAGTTCTGACGAGATCATGATGACACCCACT > NC_021214/1827884‑1828352 | tgatgGAATGTGTCACCCCCAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAGCTCTCAAt < 1:999020/239‑1 (MQ=255) 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tgtCACCCCAAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCAAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAGCTCTCAATTTGTTGATgg > 2:183248/1‑239 (MQ=255) tCACCCCAAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGTGTGCTCTCAATTTGTTGATGGtt > 1:1097773/1‑239 (MQ=255) ccccAAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTCTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAGCTCTCAATTTGTTGATGGTTCtt > 2:1401215/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |