New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_021214 | = 1021271 | 440 (1.370) | 48 (0.150) +ACAA |
17/448 | 14.6 | 10.0% | coding (406/441 nt) | TMARI_RS05125 | transposase |
? | NC_021214 | 1021272 = | 440 (1.360) | coding (405/441 nt) | TMARI_RS05125 | transposase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 470 total aligned reads displayed.
TACCTGGTGCCTTTGGTCGAGGTGGCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTCTCCGTTGATCTTTTTGAAGCTTGCAGTTCTGTTGTACGTGTATTTGACGATCAAGCTCTTTCGCTTCGGTGGTTTATCCCAGAACTTCTTGACTGCTTTCGAATCGGGTTTTCGACGTTTGAGTTCTTTGAACTGAGCCCAGAGAGTTTTGTACATTGCAGAGACGTCTCTGTTCACATTGATGGCTATTTGAGCGGGAAGGCAAAATTTCTCACGGATGGTG > NC_021214/1021034‑1021509 | tACCTGGTGCCTTTGGTCGAGGTGGCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGg‑‑‑‑a > 1:239179/1‑239 (MQ=255) aCCTGGTGCCTTTGGTCGAGGTGGCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCACGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCCTTTGATTTGACCTTGAAGTG‑‑GGg‑‑‑‑ag > 1:902337/1‑239 (MQ=255) ggTGCCTTTGGTCGAGGTGGCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGc > 2:944374/1‑239 (MQ=255) ggTGCCTTTGGTCGAGGTGGCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGc < 1:170976/239‑1 (MQ=255) gTGCCTTTGGTCGAGGTGGCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCg > 1:1241392/1‑239 (MQ=255) tGGTCGAGGTGGCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCAc > 1:1180763/1‑238 (MQ=255) ggTCGAGGTGGCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATATTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCActc < 2:612814/239‑1 (MQ=255) ggatggagcaATGTTTCTTCATCCTACGACACCACCGAGGATTTCTGTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAATCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGGTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTTGATCGCCTATCTTGCCAGGCTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTATCCGTTGa < 2:31406/232‑1 (MQ=14) ggCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTCTCCGTTGa < 1:1013286/238‑1 (MQ=255) ggCAGCAGCAATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTAGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTCTCCGTTGa < 1:45331/238‑1 (MQ=255) 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caATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTCTCCGTTGATCTTTTTGa > 1:1109937/1‑239 (MQ=255) caATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTCTCCGTTGATCTTTTTGa > 1:344414/1‑239 (MQ=255) caATGTGTCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGAATCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGGGCCACTCTCCGTTGATCTTTTTgc > 2:56344/1‑238 (MQ=255) 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tCTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCATTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTCGCCGTTGATCTTTTTGAAGCTTg < 2:801438/238‑1 (MQ=255) cTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTTATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTCTCCGTTGATCTTTTTGAAGCTTGCa < 2:716516/239‑1 (MQ=255) cTTTCTCCAACGTCAACACCGAGGATTTCTTTTGGTTGATGTTCCTGAACTTCAAGCGTTACAGGAACAAGCAAGAAGAAGGTTTTGGATGATTTGTCGTAAGTCAGTATTGGATCGCCGATCTTGCCAGACTTGAGGTACTCAAAGTGTTTGGACCAGCCCTTCATCGGGATCCATTTGATTCGACCTTGAAGTG‑‑TGG‑‑‑‑AGAAGCGTGCCACTCTCCGTTGATCTTTTTGAAGCTTGCa < 2:445067/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |