New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_021214 | 157995 = | 339 (1.050) | 9 (0.030) | 5/438 | 20.7 | 2.7% | coding (478/648 nt) | TMARI_RS00740 | lactate utilization protein |
? | NC_021214 | 158204 = | 315 (1.020) | coding (1857/1872 nt) | TMARI_RS00745 | DUF4914 domain‑containing protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
GGCGAGAGAAAGGCTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTGAGATAGTCATCGAGAGATCCGTCGTCGAGACAGCACTGGATGATTTCTCTTCCCACGGGATTCAGGTCTTCGGTCAGGAATTTTTTCAGTTCTCTCTTGAAGAAGTCTTTCAACTCTTGGGCACCTTTTTCATAAGCTTCCTCACCTACTTCGGATTGCAAGTGTGGCTGCAGAAGTTCTTTCGGAATGGTGTTTCCTTCGATCTTCATCTCTTTGAGAGAAAAACCGA > NC_021214/157967‑158442 | ggCGAGAGAAAGGCTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGt < 1:878901/238‑1 (MQ=255) gCGAGAGAAAGGCTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTa < 2:645547/238‑1 (MQ=255) gCGAGAGAAAGGCTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTa < 2:436835/238‑1 (MQ=255) gCGAGAGAAAGGCTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTAt > 1:623474/1‑239 (MQ=255) cGAGAGAAAGGCTGGAATACATCGCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTa < 2:665053/237‑1 (MQ=255) cGAGAGAAAGGCTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTa < 1:815802/237‑1 (MQ=255) cGAGAGAAAGGCTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTAt < 1:756170/238‑1 (MQ=255) cTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTgaga < 1:779739/237‑1 (MQ=255) cTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTgaga < 1:708670/237‑1 (MQ=255) cTGAGATACATCTCTCCGATGAATTCGAAACGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGACGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTgaga < 1:956592/237‑1 (MQ=255) 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aaCGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTGAGATAGTCATCGAGAGATCCGTCGTCGAGACAg < 1:1035512/239‑1 (MQ=255) cGACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTGAGATAGTCATCGAGAGATCCGTCGTCGAGACAGCa < 2:398985/239‑1 (MQ=255) gACTGAATCTGGAAACACCGTGCACAAAAACAGGATTCTGTGCAGACTGTTCTTCTCCTCAGAGGATCTGTGACTACTTTCTGGTAGTGGAATCTGGGGTGAGACAGCCGGGAAGGTTCAAGGTGATTCTGACGCTGGAAGACTTCGGACTTTAAAAAAGCGGGGAATTCTCCCCGCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTGAGATAGTCATCGAGAGATCCGTCGTCGAGACAGCAc < 1:690630/239‑1 (MQ=255) 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cGCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTGAGATAGTCATCGAGAGATCCGTCGTCGAGACAGCACTGGATGATTTCTCTTCCCACGGGATTCAGGTCTTCGGTCAGGAATTTTTTCAGTTCTCTCTTGAAGAAGTCTTTCAACTCTTGGGCACCTTTTTCATAAGCTTCCTCACCTACTTCGGATTGCAAGTGTGGCTGCAGAAGTTCTTTCGGAATGGTGTTTCCTTCGATCTTCa > 1:1181807/1‑237 (MQ=255) gCTTTAAAAATTCATCGGTATGATCTTGAGATAGTCATCGAGAGATCCGTCGTCGAGACAGCACTGGATGATTTCTCTTCCCACGGGATTCAGGTCTTCGGTCAGGAATTTTTTCAGTTCTCTCTTGAAGAAGTCTTTCAACTCTTGGGCACCTTTTTCATAAGCTTCCTCACCTACTTCGGATTGCAAGTGTGGCTGCAGAAGTTCTTTCGGAATGGTGTTTCCTTCGATCTTCAtc > 1:190844/1‑238 (MQ=255) tttAAAAATTCAGCGGTATGATCTTGAGATAGTCATCGAGTGATCCGTCTTCGAGACAGCACTGGATGATTTCTCTTCCCGCGGGATTCAGGTCTTCTGTCAGGAATTTTTTCAGTTCTCTCTTGAAGAAGTCTTTCAACTCTTGGGCACCTTTTTCATAAGCTTCCTCACCTACTTCGGATTGCAAGTGTGGCTGCAGAAGTTCTTTCGGAATGGTGTTTCCTTCGATCTTCATctct < 2:601716/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |