| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_021214 | 449,056 | 0 | T | C | 47.4% | ‑5.2 / 21.6 | 19 | G501G (GGA→GGG) | TMARI_RS02175 | methyl‑accepting chemotaxis protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/4); new base C (5/4); total (11/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCTTTCTGTC > NC_021214/448840‑449290 | ccTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCCGCTTCTATc > 1:979772/1‑238 (MQ=17) ccacccccGCTACTTCGTCCCCTCCTTCGAACAGCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTTTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCTTCTTCGCTATGTCTTCTGCCGCCCTCTGGCTCCCTTCTGCGTGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCCCCAGCTCGAGCCGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAg < 2:979772/233‑1 (MQ=11) ttctatctgtttCTATCGTCGTCCACAAACTGCCCAGCTGCTTGCGTATGTTTCCTGCCGCCCTCGGACTTTCTTCTTCGAGTTTCCTTATCTCTTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCCGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAg < 2:1175561/228‑1 (MQ=11) gCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGCGTCAACGAGTTCCCCCAGGTAGTCCCCCTGTCTTTCTGCTGACCCt > 2:838468/1‑239 (MQ=9) cTTCGCTATTCCTCCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTTCGAGTTTCCTTCTCTCGTCTGCCCCCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTAAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGa < 2:29992/239‑1 (MQ=11) tCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATAATCTTGGCTGAGTCAACGACTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTCAgt > 2:116682/1‑239 (MQ=9) tCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCCGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGCGCTGATCGTGTCCACGATCTCTCCTTTCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGGTCCCCCAGGGATTCCCTCGTTCCATTGTCTGACCCTTTGCgt > 2:373448/1‑239 (MQ=11) aTGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAgtttgtt > 1:403799/1‑239 (MQ=14) cttctGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTAc > 2:280962/1‑238 (MQ=14) gCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTActctctc < 1:280962/239‑1 (MQ=14) ttcTTATCTCTGCTCCCCCCACCTCAAAG‑CTCTTGCCTGCTTCTCCAGCGCGGACTGCTTCTACCGTCGCGTTCTACGCGAGACGGGTCGTCTGCTCTGCTATGGTGCTGATCGTGTCCAGTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGTTATTCCCTCTTTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTAGGATTCCTCCCACCTCTTCTCCTCTCTCTGTCCCt < 2:1261475/237‑1 (MQ=11) aaccccttt‑CCCGCCTCCCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGTCCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTc < 2:579425/232‑1 (MQ=9) t‑CCCGCCTCCCCAGCTCGGTCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCttt < 2:236914/239‑1 (MQ=9) cTTCCCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGa > 2:1279309/1‑148 (MQ=17) cTTCCCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGa < 1:1279309/148‑1 (MQ=17) cTTCCCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGGGTTTGTTTTTGACTCTTCCCACCCCTTTTACTTTCTCTGTCCCTTTTCTTTCCCCTTTCGTACCCCCTTCTGCCCTTTCTGTc > 2:696834/1‑239 (MQ=11) cTTCCCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCTTTCTGTc > 2:1063024/1‑239 (MQ=14) cTTCCCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCTTTCTGTc > 2:57740/1‑239 (MQ=14) cTTCCCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCTTTCTGTc > 1:849639/1‑239 (MQ=14) | CCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTT‑CCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCTTTCTGTC > NC_021214/448840‑449290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |