Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
AGAGAAAAAGTACAAAGTGGTCACAAACAACTACATGGCAGGTGGTGGAGACGGTTATGTCATGTTCAAAGAGTGGGAC‑GGATACGACACGGGATACCTCATGTCAGACGCCGTCATTGAGTACATCCAGAATGTTCTGAACGGGAAAATAGAAGAGTACGACGATTCGCAGAGGTACGTGAGAGAGTAACTGGAACAGTTCGAAGAGTTCAGGTTGAGGC‑GGG‑GCAAT‑CCCGCCTCTTTGGTTTTTGATA‑TTAAAA‑ATTAACTTGAAAAT‑TATTGATATTTACTAATTAACTTTTATGC‑ATAC‑AAACCAGGTTAGTTCCAA‑TCATTCACAAAGTGGGTGATGCGTGTATCTGGCACTGGAAGAACGATACAGAGTATGCAATTACCGGTAACGAAAAATTTCATGCGCCTTTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_021214/1869199‑1869612 | aaGTGGTCACAAACAACTACATGGCAGGCGGTGGAGACGGTTATGTCATGTTCAAAGAGTGTGCC‑GGATACGACACGGGATACCTCATGTCAGACGCCGTCATTGAGTACATCCAGAATGTTCTGAACGGGAAAATAGAAGAGTACGACGATTCGCAGAGGTACGTGAGAGAGTAACTGGAACAGTTCGAATAGTTCCGGTTGAGGC‑GGG‑GCGAT‑CCCCCCGCTTTGGTCTTTTTTA‑tt > 2:1266118/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |