Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_021214 | 1,828,119 | A→G | V20A (GTT→GCT) | TMARI_RS09445 ← | ROK family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_021214 | 1,828,119 | 0 | A | G | 99.4% | 1235.0 / NA | 350 | V20A (GTT→GCT) | TMARI_RS09445 | ROK family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (195/151); minor base T (0/2); total (196/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TCCCAATGATGGAATGTGTCACCCCAAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAACTCTCAATTTGTTGATGGTTCTTGCCTGCTTTAGGGAATAAACTTCCATGCTATGCAATTTGCGAACCTCCTTCACTTGCTACTCCAACCCAGCAGCGAGTTTCATAACTTTTTCTTGAGAAGCTTCTTTAGCATCAATGATACCAGCGAGTTTTCCAAAGCTCATCACAGCGATTCTGTCGCTCATTTGAAGAACTTCAGGAAGTTCTGACGAGATCATGATGACACCCAC > NC_021214/1827883‑1828351 | tgatgGAATGTGTCACCCCAAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAGCTCTCAAt < 1:358012/239‑1 (MQ=255) aTGTTTCACCCTAAGATCGACCACTAGCGCCTTTTAAAAATCTCTGTTCACGTTGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGTGAGTATTCCCTGCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAGCTCTCAATTTGTTGa < 2:657810/239‑1 (MQ=255) aTGTGTCACCCCAAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAGCTCTCAATTTGTTGa < 1:706023/239‑1 (MQ=255) tgtCACCCCAAGATCGACCACTATCGCCTTTGAAAAATCTCTGTTCACGTAGAGTCGTTTGGAGTGCCTTCCCAACTTCGATGGGAGTATTCCCTTCTCGTAGATCATTCTTTTCCTCTTCATCTCGTTCACGAGTTTTGTAACAGTGCTGGGATCTAGCCCGGTTTTTTCTGATATCATGTTTCGAGTAACTCCAGGCTCAAATCTTATCGTGTTGAGAGCTCTCAATTTGTTGATgg > 1:657153/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |