| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_021214 | 448,951 | T→C | R536R (AGA→AGG) | TMARI_RS02175 ← | methyl‑accepting chemotaxis protein 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_021214 | 448,951 | 0 | T | C | 96.1% | 57.0 / ‑2.0 | 52 | R536R (AGA→AGG) | TMARI_RS02175 | methyl‑accepting chemotaxis protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (22/27); total (24/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
TTCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAG > NC_021214/448717‑449166 | ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCTAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTATTCAACCCTCACCGTTATCTCGCCCACTCCTCCGCACATCTATTTCGACCCGTTTTCTACGTGTTATCTCGTTGTCCTCa > 2:44940/1‑239 (MQ=11)ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTTTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa > 1:568595/1‑239 (MQ=14)ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa > 2:1140999/1‑239 (MQ=14)ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa > 1:137843/1‑239 (MQ=14)ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa > 1:214005/1‑239 (MQ=14)ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa > 1:392111/1‑239 (MQ=14)ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa > 1:30130/1‑239 (MQ=14)ttCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCa > 2:3235/1‑239 (MQ=14)ttCCACAACTCCTTCGACTATCGTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGGGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTTGAACATCTCTTTCGAGCCGTTGTCTAGGTGGTCTATCGTTGTcctcg > 1:1349744/1‑238 (MQ=255)ttCCACAACTCCCTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGCGTTCTCTATCATGCTGGTGATTTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGCTTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTACAACATCTCTTTCGATCCGTTTTCTACGTGTTCTATCCATGTCCTCa > 2:35244/1‑239 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGACCATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa > 2:449799/1‑237 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa < 1:678593/239‑3 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa < 1:1077531/239‑3 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa < 2:245883/239‑3 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa < 1:137877/239‑3 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa < 2:548752/239‑3 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa > 1:232310/1‑237 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa > 1:1150969/1‑237 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa > 1:77119/1‑237 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa > 1:732957/1‑237 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaa > 1:1089567/1‑237 (MQ=11) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACCTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCac > 1:875085/1‑237 (MQ=14) ccACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTGGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa < 2:1142050/239‑3 (MQ=11) cccaACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 1:410987/237‑4 (MQ=1) ccacaCTCCTTCGTCTATCTTTGTGACGTTCGCCCTCGCGCTCGCCATCTCCCCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 2:550250/235‑4 (MQ=1) ccaaaCTCCTTCGGCTATCTCTGGGACTTTGTCCCTCGCGCGCGCCATCCCCTCCGCCGCCGCCCCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTACCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCCCTCCTTCGAACATCTCTTGCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 2:133652/236‑4 (MQ=1) cacctccccTTCGACTTTCTTTGTGACGTTTTCCAGCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 2:1084380/232‑4 (MQ=0) cacaACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAATGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 1:447185/239‑4 (MQ=1) cacaACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 1:1364265/239‑4 (MQ=1) cacaACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 1:499714/239‑4 (MQ=1) cacaACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 1:384509/239‑4 (MQ=1) cacaACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 1:980684/239‑4 (MQ=1) cacaACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTCCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 2:939283/239‑4 (MQ=1) aCTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 1:64584/235‑4 (MQ=1) aCTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac > 2:64584/1‑232 (MQ=1) ctacTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCAATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTATCTATCATGCTGTTGATCTCATCTATCCTTCCAAGGCACTCTCTGCATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATATCATTAGACACGTTTTCTACGCGTTTTATCGTTTTACTCaaccctcac > 2:1252489/4‑231 (MQ=11) tgtgACGTTGTCGATCGCGCTCGCCAGCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGCTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCGTCTATCCTTCCAATGTTCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTGTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCTAACATCTCTTTCGCGCCGTTTTCTACGCGTTCTATCGTTGTCCTCAACGTGCTCAGCATCTTCGCTAGGt > 2:175299/1‑239 (MQ=11) ttGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac > 2:235865/1‑208 (MQ=1) ttGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaac < 1:235865/211‑4 (MQ=1) tGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCACACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGt > 2:331698/1‑238 (MQ=14) gCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa < 1:1359922/195‑3 (MQ=11) gCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCaaa > 2:1359922/1‑193 (MQ=11) ctccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGTACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACTCGTTCTATCGTTTTCCTCAACCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCCCCCCTTTGCTCtcttctcgtg > 2:547930/1‑235 (MQ=11) tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTTTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg < 2:427428/239‑1 (MQ=9) tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAATGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg < 1:977566/239‑1 (MQ=9) tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg < 1:715738/239‑1 (MQ=14) tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg < 1:144390/239‑1 (MQ=14) tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg < 1:429005/239‑1 (MQ=14) tccGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg < 1:487942/239‑1 (MQ=14) cccgccgccgCACCCTGTCCCGGCGCAGTGGCAGCTGTTTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGGTACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTCCTCAAACTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAg < 2:1261318/238‑1 (MQ=11) ccTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCGAGCCGCTTCTATc > 1:979772/1‑238 (MQ=17) ccacccccGCTACTTCGTCCCCTCCTTCGAACAGCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTTTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCTTCTTCGCTATGTCTTCTGCCGCCCTCTGGCTCCCTTCTGCGTGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCCCCAGCTCGAGCCGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAg < 2:979772/233‑1 (MQ=11) ttctatctgtttCTATCGTCGTCCACAAACTGCCCAGCTGCTTGCGTATGTTTCCTGCCGCCCTCGGACTTTCTTCTTCGAGTTTCCTTATCTCTTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCGAGCCGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAg < 2:1175561/228‑1 (MQ=11) | TTCCACAACTCCTTCGACTATCTTTGTGACGTTGTCCATCGCGCTCGCCATCTCCTCCGCCGCCGCACCCTGTTCCTGCGCAGTGGCAGCTGTGTTCTCTATCATGCTGTTGATCTCTTCTATCCTTCCAAGGATCTCTCTGAATCTCTTTGTGACTTCTTCTCCCATCACCGCTATCTCGTCCACTCCTTCGAACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCGAGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAG > NC_021214/448717‑449166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |