Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_021214 | 653,212 | T→C | R25R (AGA→AGG) | TMARI_RS03175 ← | glycosyltransferase family 4 protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_021214 | 653,212 | 0 | T | C | 99.6% | 1027.6 / NA | 267 | R25R (AGA→AGG) | TMARI_RS03175 | glycosyltransferase family 4 protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (139/127); minor base A (1/0); total (140/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TTCTTATATTCTTTGCAAAGTACTGTGAAGTAGTTGCGAAGAAGTCCATATTTAATGAGTCTTAGTAGATTTATTTCAATGGATACTGGATAAAATTTTACATTCTCGACCTCTTCTAAAGTTTTCTTGTTACTGTGACCTCGTAATAATTTTTCTAATAACGACGCAATTTTGCTATTGTGATGTCCTAATGAAATAGTATCGAGGTTTACATTGAAAGATTTATAGTGCCTCAATCTTTGAACAACAAAGATACCTGAATTTGAATTATTGTTCAAAGGGAAAAGATTGGTGATGATAAGAACTTTCATGTGAAGTACCCCCAGAAGTTCCTAATCTTTGTAATTAAACATTTAACACTTTAAAGTATTCTACCAGATTTGTGTGAAAAACGACGGATTCGAACGAAATATGTGGTAACCAAAACTCATTTGCGGTGAAAGGTGGTTTTCAAAAATTCTACACCGATGGAC > NC_021214/652976‑653448 | cTTTGCAAAGTACTGTGAAGTAGTTGCGAAGAAGTCCATATTTAATGAGTCTTAGTAGATTTATTTCAATGGATACTGGATAAAATTTTACATTCTCGACCTCTTCTAAAGTTTTCTTGTGACTGTGACCTCGTAATAATTCTTCTAATAACGACGCAATTTTGCTATTGTGATGTCCTAATGAAATAGTATCGAGGTTTACATTGAAAGATTTATATTGCCTCAACCTTTGACcaacaa > 2:1014151/1‑240 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |