Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_021214 | 1,468,583 | G→A | A195V (GCG→GTG) | TMARI_RS07400 ← | RNA polymerase sigma factor SigA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_021214 | 1,468,583 | 0 | G | A | 99.4% | 1122.6 / NA | 322 | A195V (GCG→GTG) | TMARI_RS07400 | RNA polymerase sigma factor SigA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (156/163); total (156/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
CTTTTCTGGGGGTTTGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCGCCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGTTATGAGTTTCTCTTTGGCCTTCTTATCGCCCATCTGTGCTCGTCTTGCGAGTTCACGTTCCTGAGCAGGTGTGAGTAGAGGAATCTTTCCTATCTCTTTGAGATACATCTTGATAGAATCCCTTACGTT > NC_021214/1468348‑1468815 | cTTTTCTGGGGGTTTGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCtt < 1:868800/240‑1 (MQ=255) tttCTGGGGGTTTGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCa > 2:269824/1‑240 (MQ=255) ggggTTTGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGt > 1:689458/1‑239 (MQ=255) gggTTTGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTc < 1:369446/239‑1 (MQ=255) tttGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTAt > 2:537675/1‑240 (MQ=255) tttGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTAt > 1:1218774/1‑240 (MQ=255) ttGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGt < 1:115122/234‑1 (MQ=255) ttGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGt > 2:115122/1‑234 (MQ=255) tGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGt < 1:320732/240‑1 (MQ=255) tGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGt > 2:319777/1‑240 (MQ=255) atcatcTTTTCGAGTTCTTCTATGGATTGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTttcct < 2:660976/240‑1 (MQ=255) tcatcTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTttcct > 1:87976/1‑239 (MQ=255) gTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAgg > 1:119538/1‑239 (MQ=255) tctATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCCTTTCTCTTTCTTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTgg < 2:607635/240‑1 (MQ=255) tctATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTgg < 2:577371/240‑1 (MQ=255) tctATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTgg < 2:1270196/240‑1 (MQ=255) tATGGATTGTTCTTCCACGTGTTTCTTATAGTACTCTCTTCTCAATCTTGTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGgaa < 2:119538/240‑1 (MQ=255) tATGGATGGTTCTTCCCCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGgaa < 2:707930/240‑1 (MQ=255) gTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAaagaaaga > 1:406306/1‑239 (MQ=255) cACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGcc < 2:186817/240‑1 (MQ=255) aCCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTTTCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGccc < 1:1050904/240‑1 (MQ=255) gtgtTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCAt > 1:284400/1‑240 (MQ=255) tgattCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGCTGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATACATCAGGTAGCGCACGTGCTGAATTTGTCACCCTTTCTCTAGTCGAACTTTTCTAACACCTTCAGAAGTCCTATGTCTCCTTCCTGTATGAGTTCCTGGAACGAAAGACGGAGCACCacg > 2:241905/4‑238 (MQ=255) gtTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGt < 1:1323053/240‑1 (MQ=255) tCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAAc < 1:543544/240‑1 (MQ=255) 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2:950517/240‑1 (MQ=255) aaTCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGacaaca > 1:1280422/1‑240 (MQ=255) tCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGgaaagaa < 1:250048/199‑1 (MQ=255) tCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCGCCATGTAACGCTTGGCTATACTGAcaacaa > 1:1225731/1‑239 (MQ=255) tGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGAcc < 1:1270184/202‑1 (MQ=255) tGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACACCAAg > 1:1004060/1‑238 (MQ=255) tGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGc > 2:4153/1‑239 (MQ=255) tGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCg < 2:284400/240‑1 (MQ=255) gTTTATAGTTTCCACCTTGTTGACAGGTATCCTGATCGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTGCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGAcaacaa < 2:10092/227‑1 (MQ=255) tatcGTTTCCCACATGTGGACACGTATCCTTGTTGTCCTTGCCTGATCCGCTCTCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGGTCCCCCAGTGTGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCGCCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAGAGCAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGt < 2:1004060/240‑1 (MQ=255) ttCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGAt > 1:10092/1‑227 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGTTATGAGTTTCTCTTTGGCCTTCTTATCGccc < 1:811497/239‑1 (MQ=255) ggTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGTTATGAGTTTCTCTTTGGCCTTCTTATCGCCCa > 2:455196/1‑239 (MQ=255) tCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGTTATGAGTTTCTCTTTGGCCTTCTTATCGCCCa > 1:394364/1‑237 (MQ=255) tCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGTTATGAGTTTCTCTTTGGCCTTCTTATCGCCCATc < 2:462100/239‑1 (MQ=255) cTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAACGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGTTATGAGTTTCTCTTTGGCCTTCTTATCCCCCATCtgt > 2:1065779/1‑240 (MQ=255) cTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGTTATGAGTTTCTCTTTGGCCTTCTTATCGCCCATCtgt > 1:1021252/1‑240 (MQ=255) ttGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCACCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGccc > 1:586179/1‑157 (MQ=255) 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2:364616/1‑239 (MQ=255) | CTTTTCTGGGGGTTTGCCCATCATCTTTGCGAGTTCTTCTATGGATGGTTCTTCACCGTGTTTCTGATAGTACTCTCTTCTCAATCTGTTCAATTTGTTTATAGTTTCCACCATGTGGACAGGTATCCTGATGGTCCTTGCCTGATCCGCTATCGCTCTTGTGATCGCCTGTCTGATCCACCAGGTAGCGTACGTGCTGAATTTGTAACCCTTTCTCCAGTCGAACTTTTCTACCGCCTTCAGAAGTCCTATGTTTCCTTCCTGTATGAGGTCCTGGAAAGAAAGACCGCGCCCCATGTAACGCTTGGCTATACTGACAACAAGCCTCAGATTCGATGTTATGAGTTTCTCTTTGGCCTTCTTATCGCCCATCTGTGCTCGTCTTGCGAGTTCACGTTCCTGAGCAGGTGTGAGTAGAGGAATCTTTCCTATCTCTTTGAGATACATCTTGATAGAATCCCTTACGTT > NC_021214/1468348‑1468815 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |