| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_021214 | 189,999 | C→T | noncoding (1033/1564 nt) | TMARI_RS00875 → | 16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_021214 | 189,999 | 0 | C | T | 98.6% | 1193.9 / NA | 350 | noncoding (1033/1564 nt) | TMARI_RS00875 | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/4); major base T (180/161); minor base G (1/4); total (181/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TACCCGGGTAGTCCTGGCTGTAAACGATGCCCACTAGGTGT‑GGGGGGGTAATCCCTCCGTGCTGAAGCTAACGCGTTAAGTGGGCCGCCTGGGGAGTACGCCCGCAAGGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCGTGTGGTTTAATTGGATGCTAAGCCAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGCCGGTGGTACCTCCCCGAAAGGGGTAGGGACCCAGTCCTTCGGGACTGGGAGCCGGCACAGGTGGTGCACGGCCGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGCCCCTAGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGCACTCTAGGGGGACTGCCGGCGACGAGCCGGAGGAAGGAGGGGATGACGTCAGGTACTCGTGCCCCTTATGCCCTGGGCGACACACGCGCTACAATGGGCGGTACAAT > NC_021214/189764‑190233 | cccGGGTAGTCCTGGCTGTAAACGATGCCCACTAGGTGT‑GGGGGGGTAATCCCTCCGTGCTGAAGCTAACGCGTTAAGTGGGCCGCCTGGGGAGTACGCCCGCAAGGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCGTGTGGTTTAATTGGATGCTAAGCCAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGCCGGTGGTACCTCCCCGAAAGGGGTAGGGACTCAGt > 1:510736/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |