| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/56); new base A (58/0); total (117/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TGCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACG > NC_000913/361175‑361450 | tGCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTTTTTAGCGa > 1:2547661/1‑141 (MQ=255) aTGTTGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAATCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCTACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGa < 1:2623492/141‑1 (MQ=255) aTGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGa < 1:825075/141‑1 (MQ=255) aTGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGa < 1:206714/141‑1 (MQ=255) 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tATCCCGGTCGTTTATTTAGCGAATAACCCGACAAGGAAAGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTTTGACGATAATACCCCCGCCACAAACAGAATTAAACCCGAAGGTGACGCCTGGATTAATAAACACAt > 2:55864/1‑141 (MQ=255) tATCCCGGTCGTTTATTTAGCGAATAAACCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACAAACCCCGCCAATAACATAATTATACCCCATGGTGACGCCAGGATTAATAAAcacaa > 2:971078/1‑140 (MQ=255) tATCCCGGTCGTTTATTTAGCGAAAAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAAATTGTTTTGTGACGATAAAAACCCCGCCAAAAAAAGAATTATACCCGATGGTGACGCCGGGATTAATAACcacca > 2:55892/1‑139 (MQ=255) aTCCCGGTCGTTTATTTCGCGCATACCCCGACACGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGCTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATg < 2:1146585/141‑1 (MQ=255) aTCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATg < 1:670754/141‑1 (MQ=255) tCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGa < 2:1813432/141‑1 (MQ=255) ccccGGTCGTCTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGa < 1:2108945/140‑1 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCGATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 1:1034149/141‑1 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 2:1405217/141‑1 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 2:1420438/141‑1 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 2:2518471/141‑1 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 1:1034025/141‑1 (MQ=255) tttCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGa < 2:2520993/141‑1 (MQ=255) | TGCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACG > NC_000913/361175‑361450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |