Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 361,320 | 0 | C | A | 30.2% | 165.3 / 20.2 | 106 | V181F (GTT→TTT) | lacA | galactoside O‑acetyltransferase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACGTTA > NC_000913/361180‑361453 | gATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTAGCGAATAAc > 1:50567/1‑141 (MQ=255) gCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCg < 1:967272/141‑1 (MQ=255) gCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCg < 1:1097908/141‑1 (MQ=255) aTCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTTTTTCGCGAATAAAACGACAAGGAAAGccc > 1:1364898/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATACCCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 2:548992/141‑1 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 2:526861/141‑1 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 2:407065/141‑1 (MQ=255) ttCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGAc < 1:313180/141‑1 (MQ=255) gcgAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACGtt > 1:1106839/1‑141 (MQ=255) cgAAGAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACGTTa < 2:1172388/141‑1 (MQ=255) | GATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACGTTA > NC_000913/361180‑361453 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |