| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCC > NC_000913/361178‑361440 | ctgATGCGTCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATa < 2:1092599/139‑1 (MQ=255) caTGTAGATCGCTGCACTTGGAGGCCTGAAAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTCAACTGACGATTCAACTGTATAATCAGTGAAAGAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATACCCCGACAAgg < 2:1661224/140‑1 (MQ=255) aGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTTTTTAGCGAATAAACCCAAAAGGAAAGc > 1:186873/1‑141 (MQ=39) aTCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTTTTTACCGAAAAACCCCAAAAGGAAAGccc > 1:923824/1‑140 (MQ=38) 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(MQ=255) cGGTCGTTTATTTCGCGAATAAACCGCCAAGGAACCCCCGCCGCCCCGACGGTTGGGGGAATGTCTTTTGTGACGATACAACCCGCGCCAATAACAGAAATATACCCGATGGTGACGCCAGGATTAATAAACCCAAGACtt > 2:140998/1‑141 (MQ=255) cGGTCGTGTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGGTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATAATACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCGGGATTAATAAACACAAGACtt > 2:138860/1‑141 (MQ=255) ggTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATACCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAAACACAAGAAtta > 2:1925485/1‑140 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 2:1333849/141‑1 (MQ=255) gTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 1:420504/141‑1 (MQ=255) gTCGTGTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTcc < 2:497235/141‑1 (MQ=255) | CGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCC > NC_000913/361178‑361440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |