| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,086,948 | 0 | C | A | 29.8% | 177.6 / 13.4 | 129 | intergenic (+99/‑54) | fdhD/yiiG | sulfurtransferase for molybdenum cofactor sulfuration/DUF3829 domain‑containing lipoprotein YiiG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/39); new base A (37/0); total (90/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AACGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCTATATATTTATAA‑GGCAATTAAATGAAAAGGAATTTATTATCTTCCGCTATTATAGTCGCCATCATGTCCCTCGGTCTGACGGGTTGTGATGATAAAAAAGCCGAAACA > NC_000913/4086813‑4087088 | cagggTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCttttt > 1:1675018/4‑141 (MQ=255)cagggTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCttttt > 1:1379968/4‑141 (MQ=255)cagggTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCttttt > 1:1379958/4‑141 (MQ=255)aaCGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCttttt > 2:1209482/1‑141 (MQ=255)aaCGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCttttt < 1:1825694/141‑1 (MQ=255)aaCGGTTTATACCCATCCGCAGCGTGTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTGCGTGAAGTTTATTATTTTATTTATAAACACATTGCGGGTCGTGGCGTGTTGttttt > 2:1209487/1‑141 (MQ=255) aCGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCtttttt > 1:844863/1‑141 (MQ=255) aCGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCtttttt > 1:617030/1‑141 (MQ=255) aCGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTAtttttt > 1:1594079/1‑141 (MQ=255) cGGTTTATACCCATCCCCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTc > 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cGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGACTTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTGTTCTTTTTTCATTTATTATggtgac > 1:651826/1‑136 (MQ=255) gCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCAct < 1:1385555/141‑1 (MQ=255) gCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTGTTCTTTTTTGATTTATTTTGTTAAct > 1:676118/1‑141 (MQ=255) gCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTATTTTTTAATTTATTATGTTAAcacac > 1:2152315/1‑137 (MQ=255) gCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTATTTTTTAAATTATTATTTTAActctc > 1:1390437/1‑141 (MQ=255) cGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATTAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCActctct < 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1:324260/1‑141 (MQ=255) gTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTTTTATGTTCACTCTCGTATCTATATATTTATAA‑GGCAATTAAATGAAAAGGAATTTATTATCTTACGCTATTATAGTCGc > 2:448280/1‑141 (MQ=255) gTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTTTGTTCACTCTCTTATCTATATATTTATAA‑GGCAAATAAATGAAAAGGAAATTATTTTCTTACGCGATTATAGTCGc > 1:888161/1‑141 (MQ=255) gTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTATTTTTTAATTTATTATTTTGACTCTCTTATATATATATTTATAA‑TGCAATTAAATGAAAATGAATTTATTATATTACGCGATTATAGTAGc > 1:888158/1‑141 (MQ=255) tGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCTATATATTTATAA‑GGCAATTAAATGAAAAGGAATTTATTATCTTCCGCTATTATAGTCGcc < 1:2102795/141‑1 (MQ=255) tGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCTATATATTTATAA‑GGCAATTAAATGAAAAGGAATTTATTATCTTCCGCTATTATAGTCGcc < 1:1277532/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |