Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NZ_CP009273 | 1,613,500 | Δ4 bp | coding (124‑127/435 nt) | marR → | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NZ_CP009273 | 1613500 | 1613503 | 4 | 34 [0] | [0] 33 | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | = 1613499 | 0 (0.000) | 33 (0.960) | 23/248 | 0.3 | 100% | coding (123/435 nt) | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
? | NZ_CP009273 | 1613504 = | 0 (0.000) | coding (128/435 nt) | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
GGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCT > NZ_CP009273/1613366‑1613614 | gccagggcaactaatgtgaaaagtaccagcgatctgttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcat > 2:638158‑M2/139‑139 (MQ=255) actaatgtgaaaagtaccagcgatctgttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGtgct < 2:227828‑M2/10‑1 (MQ=255) ctaatgtgaaaagtaccagcgatctgttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGtgct < 2:38237‑M2/10‑1 (MQ=255) ctaatgtgaaaagtaccagcgatctgttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGtgct > 1:38237‑M2/129‑138 (MQ=255) gcgatctgttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGcgcg < 1:423123‑M2/29‑1 (MQ=255) gcgatctgttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGcgcg < 1:561696‑M2/29‑1 (MQ=255) ttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCgcggc < 1:28142‑M2/31‑1 (MQ=255) ttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCgcggc < 2:270827‑M2/31‑1 (MQ=255) ttcaatgaaattattccattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTa < 2:613383‑M2/36‑1 (MQ=255) ttcaatgaaattattcaattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTAt > 1:600500‑M2/103‑139 (MQ=255) cattgggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACt < 2:600500‑M2/52‑1 (MQ=255) ggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGcgcg > 2:575752‑M2/82‑110 (MQ=255) ggtcgcttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGcgcg < 1:575752‑M2/29‑1 (MQ=255) cttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCgcggc > 2:184669‑M2/77‑107 (MQ=255) cttaatccatatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCgcggc < 1:184669‑M2/31‑1 (MQ=255) catatggttaatcagaagaaagaccgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggt < 2:622930‑M2/70‑1 (MQ=255) atatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggtc < 2:59682‑M2/71‑1 (MQ=255) tatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCgcggc > 2:13175‑M2/68‑98 (MQ=255) tatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCgcggc < 1:13175‑M2/31‑1 (MQ=255) tatggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggtc > 1:248153‑M2/68‑138 (MQ=255) tggttaatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGa < 2:619789‑M2/73‑1 (MQ=255) taatcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTgg > 1:422040‑M2/62‑139 (MQ=255) atcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGaaaa < 2:245526‑M2/57‑1 (MQ=255) atcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGaaaa > 1:245526‑M2/60‑116 (MQ=255) atcagaagaaagatcgcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTgg > 2:572005‑M2/60‑137 (MQ=255) gcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggt > 1:527879‑M2/45‑114 (MQ=255) gcctgcttaacgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggt < 2:527879‑M2/70‑1 (MQ=255) acgagtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGc < 2:264416‑M2/104‑1 (MQ=255) gtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGAccc < 1:15223‑M2/90‑1 (MQ=255) gtatctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGAccc > 2:15223‑M2/32‑121 (MQ=255) tctgtctccgctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTCTGCTGGATCGCCTGGTCt > 2:321585‑M2/29‑139 (MQ=255) ctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGAccc > 1:18858‑M2/19‑108 (MQ=255) ctggatattaccgcggcaTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGAccc < 2:18858‑M2/90‑1 (MQ=255) | GGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCT > NZ_CP009273/1613366‑1613614 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |