| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 290481 = | 177 (3.850) | 3 (0.070) | 3/228 | 2.8 | 1.9% | coding (30/855 nt) | BW25113_RS01425 | hypothetical protein |
| ? | NZ_CP009273 | 290829 = | 137 (3.190) | coding (25/225 nt) | ykgV | helix‑turn‑helix domain‑containing protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GCGGCCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTTCGGGCTCGGGGTCGGGGTCACTA > NZ_CP009273/290695‑290967 | gcggcCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATcc < 2:423687/139‑1 (MQ=255) cggcCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCg > 1:585414/1‑139 (MQ=255) cggcCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCg > 2:100466/1‑139 (MQ=255) ggcCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCgg > 1:553096/1‑139 (MQ=255) gcCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGGATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGGTGTATCCggg > 2:749607/1‑139 (MQ=255) gcCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCggg > 2:710521/1‑139 (MQ=255) gcCATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCggg > 1:33096/1‑139 (MQ=255) cATTGATTTGTTTTGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAg > 2:554511/1‑139 (MQ=255) ttttGGGCGAGGTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATgcg < 1:16082/139‑1 (MQ=255) ggTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGc < 1:673330/139‑1 (MQ=255) ggTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGc > 2:111739/1‑139 (MQ=255) ggTAGCCCCTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGc < 1:427311/139‑1 (MQ=255) ccTCAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCa < 2:400649/139‑1 (MQ=255) cAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATgcg > 1:276679/1‑119 (MQ=255) cAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATgcg < 2:276679/119‑1 (MQ=255) cAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCa < 2:389506/136‑1 (MQ=255) cAGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCa > 1:389506/1‑136 (MQ=255) aGGCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGACTGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGa > 1:529989/1‑139 (MQ=255) gCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGAtt < 1:746812/139‑1 (MQ=255) gCAATTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGAtt < 1:908888/139‑1 (MQ=255) aaTTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGAtt > 1:856107/1‑137 (MQ=255) aaTTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGAtt > 1:397628/1‑137 (MQ=255) aTTTGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGAtt > 2:197350/1‑136 (MQ=255) tttGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGAtt > 1:905048/1‑135 (MQ=255) tttGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGAtt > 1:237935/1‑135 (MQ=255) tttGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGAtt < 2:237935/135‑1 (MQ=255) ttGTCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTgaga > 2:171348/1‑138 (MQ=255) tCCTGACAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATAtt > 2:656062/1‑139 (MQ=255) aCAAAGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCa > 1:220197/1‑138 (MQ=255) aatttcagatagtagttttatattgagataacaaagaggtttccttaaaaatgtctaatagtgttactaattttgagatgTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCaaaga < 1:71566‑M2/59‑1 (MQ=255) aaGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCaaaga < 1:111739/139‑1 (MQ=255) aaGCCATTTACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCaaaga < 2:856107/139‑1 (MQ=255) tttcagatagtagttttatattgagataacaaagaggtttccttaaaaatgtctaatagtgttactaattttgagatgTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCaaaga > 2:71566‑M2/79‑137 (MQ=255) ttACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCtt > 1:789806/1‑138 (MQ=255) tACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCttt < 1:870191/138‑1 (MQ=255) tACGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCttt < 2:559085/138‑1 (MQ=255) tACGAATGGTTTGAGATTTATAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCttt > 2:772948/1‑138 (MQ=255) cGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTaa < 1:565486/138‑1 (MQ=255) cGAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAg < 2:510303/139‑1 (MQ=255) gAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCAc > 1:179968/1‑102 (MQ=255) gAATGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGc < 2:228232/139‑1 (MQ=255) aTGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCat > 1:469020/1‑139 (MQ=255) aTGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCat > 2:664316/1‑139 (MQ=255) aTGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCat > 1:465599/1‑139 (MQ=255) aTGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCat > 2:335606/1‑139 (MQ=255) aTGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCat > 1:267027/1‑139 (MQ=255) aTGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCat > 1:311899/1‑139 (MQ=255) aTGGTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCat > 2:684888/1‑139 (MQ=255) gTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCattat > 1:312343/1‑139 (MQ=255) gTTTGAGATTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCatta < 1:215475/138‑1 (MQ=255) gaTTTGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAAtt < 2:585414/139‑1 (MQ=255) tGTAGCTAATGATTTTAGCTAACTCAGCTGTTGAAATGAGCTGTGATTGAGATGTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATtagt < 1:664316/138‑1 (MQ=255) 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gagatgTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTTCGGGCtcggggtcggg < 2:146909‑M2/132‑1 (MQ=255) gatgTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATtagt > 2:840109‑M2/5‑88 (MQ=255) gatgTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGttt > 1:900376‑M2/5‑120 (MQ=255) gatgTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGttt < 2:900376‑M2/116‑1 (MQ=255) atgTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTTCGGGCTCGGGGTCGGGGTCa < 2:785868‑M2/136‑1 (MQ=255) atgTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAGCATTATTGAATTAGTAGGGGTAGTAATGAAGGCAGAAGGAAACGTTTCGGGCTCGGGGTCGGGGTCa < 2:328009‑M2/136‑1 (MQ=255) gTATCCGGGAGTTTGAATGCGCTCATTTTGCCACCTCAGTGATTGAGATATTGGCAAAGAAAGCTTTAAg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |