New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | = 3823713 | 62 (1.270) | 3 (0.070) | 3/226 | 3.4 | 4.9% | intergenic (+17/‑104) | xanP/yicH | xanthine/proton symporter XanP/AsmA family protein |
? | NZ_CP009273 | = 3823718 | 59 (1.320) | intergenic (+22/‑99) | xanP/yicH | xanthine/proton symporter XanP/AsmA family protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCCGCTGATTTTGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTTCTCTAC > NZ_CP009273/3823579‑3823846 | gcCGCTGATTTTGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATa < 2:335793/139‑1 (MQ=255) ttGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTAccgcc < 2:698638/138‑1 (MQ=255) ttGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTAccgcc < 1:942594/138‑1 (MQ=255) gCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACcgccgc < 1:54748/138‑1 (MQ=255) gCAGTTGGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACcgccgc < 2:31086/138‑1 (MQ=255) ttGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACcgccgccagtg > 2:892560/1‑133 (MQ=255) ttGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGtct > 1:35362/1‑138 (MQ=255) tGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCa > 1:894086/1‑139 (MQ=255) gCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCa < 1:63250/138‑1 (MQ=255) gCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCa < 2:241265/138‑1 (MQ=255) cTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCAt > 2:160664/1‑139 (MQ=255) cTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCAt > 1:917133/1‑139 (MQ=255) cTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTATCACCTCTTTAACCAt > 2:805/1‑139 (MQ=255) aaaaaaCCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCCCCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGGGGCGGTAAGAAAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTc < 2:470164/138‑1 (MQ=255) aaacCCTGCCCCCCTCCGGGTCCCCCGCGGGGGGTATTACGCCCATCGTGCTGAATCTGATTTCCCCCCCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGGGGCGTTAAGAAAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTccc < 2:825822/139‑1 (MQ=255) aaaCCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCg > 1:241168/1‑139 (MQ=255) ccctccGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGAt < 1:286276/138‑1 (MQ=255) ctccGGGACCGCCGCGGGGGTTATTACTGCCATCGTGCTGAATTTGTTTTCCCCCCCAAAAAAACAGTAATT‑CCCTGGCGGCGGTAAGATAATTCCCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTg < 2:515687/139‑1 (MQ=255) ccGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAACCAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTCCCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTgcg < 1:158795/139‑1 (MQ=255) ggATCCCCGCGGGCGGTATTACTCCCCTCGTTCTGAATCTGATTTTCCCACCAAAAAAACAGTATTT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGt < 1:860203/139‑1 (MQ=255) tCGCCGGGGGCGTTATTCTTCCTATCGTCCTGAATCTGATTTCCCCCCCAAAAAAACAGTAATT‑CGCGGGGGGCGGAAAAAAAATTACCGCCGGAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTaaa < 2:894086/139‑1 (MQ=255) gccgcGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATc > 1:172775/1‑139 (MQ=255) gccgcGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATc > 1:665437/1‑139 (MQ=255) gccgcGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATc > 1:515687/1‑139 (MQ=255) ccgcGGGCGGTTTTACTCCCATCGTGCTGAATCTGATTTCCCCCCAAGAAAAACAGTAATT‑CCCTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCg < 1:420386/139‑1 (MQ=255) gggcggTATTCCTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTCCCCCCCAAAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCa < 1:671238/139‑1 (MQ=255) gggcggTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTCCCCACCAAAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCa < 1:662408/139‑1 (MQ=255) gcaagttATTCCGGCCATGGTGTTAAATTTGATTTCCCCCCCAAAAAAACAGTATTT‑CACGGGCGGCGGTAAGATAATTCCCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCa < 2:506716/133‑1 (MQ=255) gcggTATTATTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTCCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CATTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATa < 1:5691/139‑1 (MQ=255) gcggTATTACTGCCATCGTGCGGAATCTGATTTTCCCCCCAAAAAAACAGTAATT‑CCCTGGCGGGGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATa < 1:888131/139‑1 (MQ=255) cgttATTACTGCCATCGTGCTAAATCTGATTTCCCCACCAGAAAAACATTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATaa < 2:241168/136‑1 (MQ=255) ttATTACTCCCACCGTGCTGATTTTGTTTTTCCCACCAGAAAACCAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTCCCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACt < 2:169299/138‑1 (MQ=255) gTATTACTGCCATCGTGCTGAATCGGATTTCCCCCCCAAAAAAACAGTAATT‑CACTGGGGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACt < 2:790088/139‑1 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTc > 2:353291/1‑93 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTc < 1:353291/93‑1 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTactgtc > 1:506716/1‑134 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTAtgtg > 2:731337/1‑138 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTAtgtg > 2:158793/1‑138 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTAtgtg > 1:926842/1‑138 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTAtgtg > 1:916331/1‑138 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTAtgtg > 1:878269/1‑138 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTAtgtg > 2:946247/1‑138 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTAtgtg > 1:743391/1‑138 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTAtgtg > 1:689553/1‑138 (MQ=255) aTCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGc > 2:661188/1‑139 (MQ=255) cGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCAt > 2:256499/1‑139 (MQ=255) cGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCAt > 1:88839/1‑139 (MQ=255) cGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCAt > 1:70946/1‑139 (MQ=255) ctaattCTGATTTCCCCACCAGAAAATCA‑TAATTCCACTGGCGGCGTTAAGACATTTCCCGCCGCAGTCTCACCTCTTTATCCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCa < 2:70946/134‑1 (MQ=255) cgaaaTCTGATTCTCCCCCCAAAAAAACAGTAATA‑CACAGGCGCGGGTAAGATATTTCCCGCCGCAGTCTCACCTCTTTACCCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCa < 2:64702/136‑1 (MQ=255) gAATCTGATTTCCCCCCCAGAAAAACATTAATT‑CCCGGGGGGCGGAAAGATAATTCCCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACg < 2:128128/139‑1 (MQ=255) tCCCACCAGAAAAAAAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGAc > 1:167156/1‑139 (MQ=255) ccACGGGGGGGGGAAAGAAAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAgc < 2:878269/137‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAgctg < 1:160664/138‑1 (MQ=255) cgggcggcGGTAAGAAAATTTCCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAgctgct < 2:592084/137‑1 (MQ=255) gcggggGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTg < 1:799873/75‑1 (MQ=255) gcggcgGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTg > 2:799873/1‑75 (MQ=255) gcggcgGAAAGAAAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTtct < 2:214627/139‑1 (MQ=255) gcggTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTTCTCTa > 2:145778/1‑139 (MQ=255) gcggTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTTCTCTa > 1:953236/1‑139 (MQ=255) cggTAATATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTTCTCTAc < 2:665437/139‑1 (MQ=255) tAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCtt > 1:906285/1‑80 (MQ=255) tAAGAAAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCtt < 2:906285/80‑1 (MQ=255) | GCCGCTGATTTTGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAACAGTAATT‑CACTGGCGGCGGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTTCTCTAC > NZ_CP009273/3823579‑3823846 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |