| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 1046002 | 36 (0.740) | 33 (0.680) | 27/244 | 0.5 | 61.9% | intergenic (+16/+417) | BW25113_RS05135/cspH | IS1‑like element IS1D family transposase/cold shock‑like protein CspH |
| ? | NZ_CP009273 | 3370649 = | 5 (0.100) | coding (131/639 nt) | sspA | stringent starvation protein A | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAGGACCGGAAAACAGCGTCATTACCGAACGTTTGTTGGCAGCGACAGCCATGAAAACC > NZ_CP009273/3370519‑3370786 | aatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTcc < 2:76297‑M2/9‑1 (MQ=255) cGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCttttggcga > 1:654295/1‑134 (MQ=255) aTGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgc < 2:680065‑M1/139‑9 (MQ=255) gggAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgcc < 1:85265‑M1/139‑13 (MQ=255) gggAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgc > 2:104176‑M1/1‑127 (MQ=255) cGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaactta < 1:88656‑M1/139‑19 (MQ=255) gCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttac < 1:104176‑M1/139‑20 (MQ=255) cTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgcc > 2:783934‑M1/1‑119 (MQ=255) cTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgcc < 1:783934‑M1/131‑13 (MQ=255) tCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt < 2:116376‑M1/139‑25 (MQ=255) tCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt < 1:564425‑M1/139‑25 (MQ=255) tCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt < 2:564356‑M1/139‑25 (MQ=255) tCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt < 2:927231‑M1/139‑25 (MQ=255) tCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatt < 1:214806‑M1/139‑25 (MQ=255) ggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTa > 2:34659‑M2/109‑139 (MQ=255) tCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:666623‑M1/1‑106 (MQ=255) cATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat > 1:892373‑M1/1‑104 (MQ=255) cATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat > 1:875797‑M1/1‑104 (MQ=255) aagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTtct > 1:34528‑M2/98‑137 (MQ=255) tgatgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt > 2:359989‑M1/1‑99 (MQ=255) atgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt > 1:363441‑M1/1‑97 (MQ=255) tgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGCTCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 2:472277‑M1/1‑96 (MQ=255) tgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTcc > 2:905497/1‑92 (MQ=255) tgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTcc < 1:905497/92‑1 (MQ=255) tgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 1:775613‑M1/1‑96 (MQ=255) tgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 2:176916‑M1/1‑96 (MQ=255) tgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 2:521639‑M1/1‑96 (MQ=255) tgCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 1:552576‑M1/1‑96 (MQ=255) tcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGca < 1:704390‑M2/49‑1 (MQ=255) cgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACaa > 1:121489‑M2/88‑139 (MQ=255) cGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 2:632276‑M1/1‑94 (MQ=255) ttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATg < 2:106116‑M2/54‑1 (MQ=255) ttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATg < 1:34659‑M2/54‑1 (MQ=255) tctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTtc > 2:237764‑M2/85‑123 (MQ=255) tctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTtc < 1:237764‑M2/39‑1 (MQ=255) aTTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 2:892373‑M1/139‑50 (MQ=255) ttCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 2:771949‑M1/139‑51 (MQ=255) aaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCg < 2:82576‑M2/56‑1 (MQ=255) aatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCt < 1:492461‑M2/61‑1 (MQ=255) aGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt < 2:649708‑M1/139‑58 (MQ=255) gggTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg < 2:592831‑M1/139‑59 (MQ=255) gtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATgg < 1:406704‑M2/66‑1 (MQ=255) tCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct > 2:458978‑M1/1‑78 (MQ=255) aGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt < 2:429134‑M1/138‑63 (MQ=255) aGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt < 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accaGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaactta > 2:807598‑M1/1‑64 (MQ=255) aagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAg < 2:883549‑M2/82‑1 (MQ=255) ccaGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagc < 2:406863‑M1/139‑77 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAg < 1:239849‑M2/82‑1 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAg > 2:239849‑M2/55‑136 (MQ=255) gggTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgt < 1:359989‑M1/139‑80 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGAt < 1:627188‑M2/74‑1 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGAt > 2:627188‑M2/52‑125 (MQ=255) tCGGAGCGATCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGACCTTGTggtgatgctgccaacttgctgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtcca < 2:932890‑M1/139‑83 (MQ=255) tCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccc > 1:674607‑M1/1‑57 (MQ=255) tCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccc > 1:517889‑M1/1‑57 (MQ=255) gAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGt > 2:335373/1‑48 (MQ=255) gAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGt < 1:335373/48‑1 (MQ=255) 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ttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAGGACCGGAAAACAGCGTCATTACCGAACGTTTGTTGGCAGCGa > 1:244115‑M2/16‑139 (MQ=255) ttggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAGGACCGGAAAACAGCGTCATTACCGAACGTTTGTTGGCAGCGa < 2:775637‑M2/124‑1 (MQ=255) tCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 1:664291‑M1/56‑35 (MQ=255) tCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 2:664291‑M1/1‑22 (MQ=255) ggagtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGCAGGACCGGAAAACAGCGTCATTACCGAACGTTTGTTGGCAGCGa > 1:404131‑M2/14‑137 (MQ=255) tGAGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggca > 1:289735‑M1/1‑19 (MQ=255) agtcattaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAGGACCGGAAAACAGCGTCATTACCGAACGTTTGTTGGCAGCGACAGc > 2:22771‑M2/12‑139 (MQ=255) aGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 1:104888‑M1/1‑17 (MQ=255) aGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 2:104888‑M1/67‑51 (MQ=255) aGGCGGATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacgtactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaa > 1:830002‑M1/1‑17 (MQ=255) ttaccgTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAGGACCGGAAAACAGCGTCATTACCGAACGTTTGTTGGCAGCGACAGCCATg > 1:347735‑M2/7‑138 (MQ=255) gATTGTCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc > 2:762455‑M1/1‑12 (MQ=255) gTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGAt > 1:382908‑M2/2‑75 (MQ=255) gTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGAt < 2:382908‑M2/74‑1 (MQ=255) tCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccg < 2:459667‑M1/138‑132 (MQ=255) tCCTTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaag < 1:827690‑M1/130‑124 (MQ=255) | TGGCGGATGCGGGAAACGCTCATCCAGATATTCCATAATGATGCGAGATTCCCACAGGGTCAGCTCACGATCCACCAGGGTCGGAACGCTCTGATTCGGGTTGAGGTCAATCAGATCCTGAGGCGGATTGTCCTTTTCCACGTGTTCGATCTCGAAACTTACACCTTTCTCAGCCAGCACAATGCGGACCTGATGGCTATAGATGTCAGTAGGACCGGAAAACAGCGTCATTACCGAACGTTTGTTGGCAGCGACAGCCATGAAAACC > NZ_CP009273/3370519‑3370786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |