Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NZ_CP009273	1799372	1799406	35	3 [1]	[1] 2	espL1/BW25113_RS09005	type III secretion system effector EspL1/hypothetical protein

GATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG  >  NZ_CP009273/1799404‑1799496    |                                                                                          gaTATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTAtg     >  1:309909/1‑90 (MQ=255)    atGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTAtgttg  >  1:185837/1‑90 (MQ=255)    |                                                                                          GATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG  >  NZ_CP009273/1799404‑1799496

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑